Show simple item record

Pedigree traceability in whiteleg shrimp (Litopenaeus vannamei) using genetic markers: A comparison between microsatellites and SNPs

dc.creatorRICARDO PEREZ ENRIQUEZ
dc.creatorADRIANA MAX AGUILAR
dc.date2016
dc.identifierhttp://cibnor.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1001/648
dc.identifier.urihttp://dspace.cibnor.mx:8080/handle/123456789/686
dc.description"To increase productivity, genetic improvement in cultivated shrimp is of much interest. Evaluation of genetic parameters (e.g., heritability, genotype–environment interaction, inbreeding) and the design of appropriate breeding plans are necessary steps towards genetic improvement. Pedigree traceability by genetic markers is relevant to these objectives. The aim of this study was to compare the performance of 2 genetic marker panels (microsatellites and single nucleotide polymorphisms [SNPs]) for pedigree traceability of a cultivated stock of whiteleg shrimp (Litopenaeus vannamei). Pedigree of a stock from 81 full-sib families reared in a common environment was assessed with microsatellites and SNPs as genetic markers. The panel of 76 SNPs performed better than microsatellites, allowing 94–96% of parentage assignment of the tested progeny (n = 192). A minimum number of 50 SNPs with a proportion of 60% loci with a minimum allele frequency of 0.3 is suitable for successful pedigree assignment. SNP markers are suggested for confidently testing the pedigree of shrimp from known parental broodstock."
dc.description"El mejoramiento genético en el camarón cultivado es de amplio interés para incrementar la productividad. La evaluación de parámetros genéticos (e.g., heredabilidad, interacción entre genotipo y ambiente, endogamia) y el diseño de planes de apareamiento son elementos necesarios para el mejoramiento genético. La rastreabilidad del pedigrí con marcadores genéticos es importante para estos objetivos. El objetivo de este trabajo fue comparar el desempeño de 2 paneles de marcadores genéticos (microsatélites y polimorfismos de nucleótido sencillo [SNP]) para rastrear el pedigrí en una población de camarón blanco (Litopenaeus vannamei) de cultivo. Se determinó el pedigrí de la progenie de 81 familias de hermanos completos mediante el uso de microsatélites y SNP como marcadores genéticos. Un panel de 76 SNP probó tener un mejor desempeño que los microsatélites para la asignación de parentesco, obteniéndose un 94–96% de asignación en una muestra de la progenie (n = 192). Un número mínimo de 50 SNP con una proporción de 60% de loci con una frecuencia alélica mínima de 0.3 es adecuado para una asignación exitosa de pedigrí. Se sugiere utilizar los marcadores SNP para determinar el parentesco de la progenie de camarón proveniente de padres conocidos."
dc.formatapplication/pdf
dc.languageeng
dc.publisherUNIVERSIDAD AUTONOMA DE BAJA CALIFORNIA
dc.relationinfo:eu-repo/semantics/reference/ISSN/ISSN: 2395-9053
dc.relationinfo:eu-repo/semantics/reference/URL/URL: http://www.cienciasmarinas.com.mx/index.php/cmarinas/issue/archive
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rightshttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0
dc.sourceCiencias Marinas
dc.subjectinfo:eu-repo/classification/AUTOR/Shrimp farming, parentage assignment, genetic identification, assignment likelihood, exclusion probability
dc.subjectinfo:eu-repo/classification/AUTOR/Cultivo de camarón, asignación de parentesco, identificación genética, probabilidad de asignación, probabilidad de exclusión
dc.subjectinfo:eu-repo/classification/cti/2
dc.subjectinfo:eu-repo/classification/cti/24
dc.subjectinfo:eu-repo/classification/cti/2409
dc.subjectinfo:eu-repo/classification/cti/240903
dc.titlePedigree traceability in whiteleg shrimp (Litopenaeus vannamei) using genetic markers: A comparison between microsatellites and SNPs
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/article
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/publishedVersion


Files in this item

FilesSizeFormatView

There are no files associated with this item.

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record