"Microcoleus vaginatus fue proclamada como especie cosmopolita. Este supuesto no lo confirman los estudios morfológicos previos que se realizaron en poblaciones naturales de costras de suelo en una región con historia geológica particular, llamada sierra de la Laguna (SL), al sur de la península de Baja California (México). Por ello, en este estudio se comparó la estructura de comunidades de cianobacterias, con énfasis en el género Microcoleus, en costras biológicas de 10 localidades situadas a lo largo de la península. Se analizaron y cotejaron poblaciones naturales de cianobacterias con cepas tipo de colecciones públicas: Microcoleus sociatus (Sammlung von Algenkulturen Germany-SAG 26.92), M. paludosus (SAG 1445. 1a), M. vaginatus (Pasteur Culture Collection-PCC 9802) y M. chthonoplastes (PCC 7420). Se realizaron análisis microscópicos y de clusters de patrones de bandeado de secuencias del 16S rRNA, obtenidos por electroforesis de gel en gradiente desnaturalizante (DGGE). En los análisis microscópicos de muestras naturales no se detectaron morfotipos de M. vaginatus en 6 de las 10 localidades, 4 de ellas de la SL. La comparación de patrones de bandeado obtenidos por DGGE mostró diferencias significativas en la estructura de las comunidades de cianobacterias y ausencia de bandas equivalentes a M. vaginatus (PCC9802), en todas las localidades de la SL.""Microcoleus vaginatus has been proclaimed to be a cosmopolitan species. However, morphological studies performed on natural populations of cyanobacterial crusts in a region with a particular geological history at the southern part of the Baja California Peninsula, Mexico, called Sierra de la Laguna (SL), do not support the last assertion. We compared the community structure of cyanobacteria, with emphasis in the genus Microcoleus, in biological desert crusts from 10 different localities along the Baja California Peninsula. We analyzed natural cyanobacterial populations and matched them with type cultures from public collections: Microcoleus sociatus (Sammlung von Algenkulturen Germany- SAG 26.92), M. paludosus (SAG 1445. 1a), M. vaginatus (Pasteur Culture Collection-PCC 9802), and M. chthonoplastes (PCC 7420). Microscopy and cluster analysis of band patterns of 16S rRNA sequences from denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) were applied. The microscopic analysis of natural samples resulted in the undetection of morphotypes of M. vaginatus in 6 of the 10 localities, 4 or them from the SL. Comparison of band profiles from denaturing gradient gel electrophoresis showed signficant differences in the natural cyanobacterial community structure and the absence of the band that matches with that of M. vaginatus (PCC 9802) in all of the SL localities."