dc.contributor.advisor | Álvarez Castañeda, Sergio Ticul | |
dc.contributor.advisor | Cortés Calva, Patricia | |
dc.contributor.author | Cornejo Latorre, Cristian | |
dc.date.issued | 2017 | es_MX |
dc.identifier.uri | http://dspace.cibnor.mx:8080/handle/123456789/586 | |
dc.description.abstract | Los taxa de Haplomylomys (Rodentia: Cricetidae) son un subgénero de Peromyscus. Se
distribuyen ampliamente en el suroeste de Estados Unidos de América y el noroeste de
México, incluyendo varias islas circundantes a la península de Baja California (PBC). La
taxonomía de Haplomylomys ha sido estudiada desde principios del siglo XX, cuando se
propusieron las primeras clasificaciones con base en caracteres morfológicos. Sin embargo,
las relaciones genealógicas entre las especies y subespecies de Haplomylomys aún no han
sido completamente entendidas debido a la presencia de taxa crípticos. Los objetivos de
este trabajo fueron evaluar la historia evolutiva del subgénero Haplomylomys y dilucidar
los principales eventos geológicos y climáticos que han estructurado la filogenia del grupo.
Se consideró que debido a que el proceso de aislamiento de los roedores de la PBC está
asociado al Último Máximo Glacial (ÚMG), se espera que las formas insulares de
Haplomylomys no difieran genéticamente con respecto a los taxa de tierra firme y que sean
subespecies de éstas. Para evaluar este supuesto, se amplificaron y secuenciaron tres genes
mitocondriales (Cytb [800 pares de bases (pb)], COI [658 pb] y COIII [700 pb]). El tamaño
de muestra fue de 61 individuos, considerando tanto poblaciones de tierra firme como
insulares, los cuales pertenecen a 11 taxa reconocidos actualmente como especies. Como
grupo externo se incluyeron a las siguientes especies: Peromyscus maniculatus, P. sejugis,
P. boylii y P. leucopus. Para determinar las distancias genéticas entre los taxa se emplearon
los modelos de evolución molecular Kimura 2-parametros y Jukes-Cantor. Además se
determinó el modelo evolutivo correspondiente para cada gen mitocondrial con la finalidad
de realizar análisis filogenéticos individuales y un análisis particionado con todas las
secuencias concatenadas (2,158 pb). Se obtuvieron dos modelos de evolución molecular;
para Cytb se empleó el modelo GTR+I+G, y para COI y COIII el modelo TIM2+I+G.
Todos los métodos de inferencia filogenética (Neighbor-Joining, Máxima Verosimilitud,
Inferencia Bayesiana y estimación bayesiana de los tiempos de divergencia [datación
molecular]) fueron consistentes en la identificación de cuatro clados monofiléticos
recíprocos con un fuerte soporte de bootstrap (> 90%) dentro del grupo eremicus. Los
resultados de los análisis filogenéticos y de datación molecular, en conjunto con los valores
de divergencia genética sugieren varios cambios taxonómicos a nivel de especies y
subespecies, en tres de los cuatro clados identificados para los taxa insulares del grupo
eremicus. De acuerdo con los análisis de datación molecular, la filogenia de Haplomylomys
posiblemente esta correlacionada con la formación del río Colorado y del Golfo de
California durante el Neogeno, así como por el ÚMG; los dos primeros eventos tuvieron un
efecto a nivel de especie y el tercero a nivel de subespecies para los taxa de Haplomylomys. | es_MX |
dc.language.iso | Español | es_MX |
dc.publisher | Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C. | es_MX |
dc.title | Evaluación de procesos evolutivos en roedores insulares de la Península de Baja California, México | es_MX |
dc.type | Tesis | es_MX |
dc.documento.id | cornejo_c | es_MX |
dc.documento.inst | CIBNOR | es_MX |
dc.dirtesis.grado | Doctorado en Ciencias en el Uso, Manejo y Preservación de los Recursos Naturales | es_MX |
dc.dirtesis.disciplina | Ecología | es_MX |
dc.dirtesis.universidad | Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C. | es_MX |
dc.dirtesis.facultad | Posgrado en Recursos Naturales | es_MX |
dc.documento.fecha | 2017-07 | |
dc.description.abstracten | The taxa of Haplomylomys (Rodentia: Cricetidae) are a subgenus of Peromyscus. It’s are
widely distributed in northwestern Mexico and the southwestern United States, including
several islands surrounding the Baja California peninsula (BCP). The taxonomy of
Haplomylomys has been studied since the beginning of the 20th century, when the first
classifications were proposed based on morphological characters. However, the
genealogical relationships between islands taxa within the eremicus group remain poorly
understood due to the presence of cryptic taxa. In this work, the goals were to assess the
evolutionary history of Haplomylomys and identify the main geological and climatic events
that might have affects its phylogeny. I tested the hypothesis that the island taxa of the
subgenus Haplomylomys show limited genetic differences with respect to mainland taxa
because its recent isolation process has been associated with the Last Glacial Maximum
(LGM). Phylogenetic relationships were analyzed using three mitochondrial gene
fragments (Cytb [800 base pairs (bp)], COI [658 bp], and COIII [700 bp]) from 61
individuals, considering both mainland and island populations belong to 11 taxa currently
recognized as species, collected through the geographic range of Haplomylomys. As
outgroup group the following species were included: Peromyscus maniculatus, P. sejugis,
P. boylii, and P. leucopus. Genetic distances were calculated using the Jukes-Cantor and
Kimura 2-parameter models of molecular evolution. To determine the best model of
evolution of each gene mitochondrial and concatenated data set (2,158 bp), the Akaike
information criterion was used. The parameters obtained from two evolutionary models for
the phylogenetic approaches were used. For Cytb the model GTR+I+G was used, while for
COI and COIII was the model TIM2+I+G. Phylogenetic inferences (Neighbor-Joining,
Maximum likelihood, Bayesian inference, and molecular dating) identified two main
clades. The first includes P. californicus; the second, all the species within the eremicus
group divided into four clades with strong bootstrap support (> 90%). Phylogenetic
analyzes, molecular dating, and the values obtained from measures of genetic distances
suggest taxonomic changes at species and subspecies level in three clades identified for
island taxa of the eremicus group. Molecular dating analysis indicate that the phylogeny of
Haplomylomys is possibly correlated with the formation of the Colorado River, the latest
embayment of the Gulf of California during the Neogene, and the LGM; the first two
events had an effect at the species level, and the third one at the subspecies level for
Haplomylomys taxa. | es_MX |
dc.documento.subject | ADN mitocondrial, aislamiento, filogenia, Península de Baja California, Peromyscus, Pleistoceno, taxa insulares | es_MX |
dc.documento.subject | Mitochondrial DNA, isolation, phylogeny, Baja California Peninsula, Peromyscus, Pleistocene, islands taxa | es_MX |