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Filogeografía y estructura genética poblacional del colibrí de xantus (hylocharis xantusii), endémico de la península de Baja California.
dc.contributor.advisor | García De León, Francisco Javier | |
dc.contributor.advisor | Rodríguez Estrella, Ricardo | |
dc.contributor.author | González Rubio Sanvicente, Cristina | |
dc.date.issued | 2016 | es_MX |
dc.identifier.uri | http://dspace.cibnor.mx:8080/handle/123456789/507 | |
dc.description.abstract | La Península de Baja California (PBC), ha sido objeto de diversos estudios filogeográficos debido a su compleja historia geológica, climática, y topográfica. La principal señal observada son discontinuidades genéticas o estructura filogeográfica de múltiples taxa, donde la distribución de filogrupos, representa una evidencia del impacto de los eventos vicariantes ocurridos durante la formación y separación de la PBC. Sin embargo, algunos pocos trabajos han paleado hipótesis alternativas (e.g. fluctuaciones climáticas o eventos de dispersión), o han integrado distintas herramientas moleculares para comprender la influencia relativa de los procesos históricos antiguos y recientes, sobre los patrones de variación genética actual de las especies. Este estudio presenta la primera investigación sobre los patrones de diversidad genética y morfológica de la única especie de colibrí endémica de la PBC, el colibrí de Xantus (Hylocharis xantusii). Esta especie se distribuye desde la porción media de la PBC hasta los Cabos. En una muestra de 154 individuos se estudio la variación genética de tres genes del ADNmit (Cyt-b, COI y ND2; 2,297 pb), 16 microsatélites polimórficos especie-específicos, información climática obtenida de la modelación de nicho ecológico (MNE), y de las proyecciones al último interglacial (UIG) y último máximo glacial (UMG), así como la variación de seis rasgos morfológicos relacionados al dimorfismo sexual de la especie. El objetivo fue determinar las relaciones entre el patrón de variación genética y morfológica con los eventos históricos antiguos (geológicos) y recientes (fluctuaciones climáticas del Pleistoceno y la heterogeneidad ambiental). El análisis espacial de 56 haplotipos de ADNmit detectó tres poblaciones o linajes mitocondriales espacialmente diferenciados; uno en la región Norte (población D), otro en la porción Central (población C y B) y un último en la región Sur (población A). Las estimaciones de tiempos de divergencia entre los haplotipos mitocondriales de seis especies de colibríes apoyan la hipotésis de dos eventos vicariantes: 1) la separación permanente de la península hace 5 ma, y 2) el aislamiento temporal de la región del Cabo hace 3 ma. El marco temporal de diferenciación genética intraespecífico, indicó que el 90% de los linajes comenzaron a divergir en los últimos 500,000 años, con una expansión poblacional hace 80,000 años. Los haplotipos con divergencia más antigua (ancestrales, ~2.2 ma), y los más recientes (12,500 a 16,200 años) ocurrieron en los linajes del Sur y Norte respectivamente, los cuales presentaron altos niveles de diversidad genética. Debido a esto en este trabajo, a diferencia de los estudios previos, se sugieren dos zonas de refugio para el colibrí de Xantus: la región del Cabo, y un refugio Norteño. Las proyecciones al pasado en la MNE, apoyan estas dos zonas de refugios: el refugio Norteño ocurrió durante el UIG (hace aprox. 130,000 años), y refugio del Cabo durante el UMG (aprox. 21,000 años). El conjunto de los resultados de los haplotipos mitocondriales permitieron concluir que los patrones de variación genética dentro y entre especies de colibrí pueden ser explicados tanto por eventos historicos antiguos (formación del Golfo de California y separación de los Cabos) como recientes (fluctuaciones climáticas del Pleistoceno). Se diseñaron cebadores para 16 loci microsatélites a partir de pirosecuenciación. El polimorfismo fue alto comparados con otras especies de aves. No se detectó desequilibrio de ligamiento para ningún loci, y desviaciones al equilibrio de Hardy-Weinberg solo fueron detectados en cuatro loci. El número promedio de alelos por locus varió de 4 a 10, y se observó hasta 19 alelos por amplificación cruzada, sugiriendo que estos marcadores pueden ser utilizados para estudios comparativos; las especies filogenéticamente más emparentadas al colibrí de Xantus (e.g. Hylocharis leucotis, Cynanthus latirostris, Calypte costae) tuvieron el mayor rendimiento en la amplificación y polimorfismo (90%). El estudio de 111 alelos microsatélites en H. xantusii, reveló dos poblaciones genéticas geográficamente discretas: una en el Norte y otra en el Sur. Los análisis bayesianos mostraron que la población del Norte presentó menos intermezcla genética entre individuos. La distribución de estas poblaciones fue concordante con la distribución de oasis. Los oasis del sur, más cercanos entre sí, promueven una tasa mayor de flujo genético y por lo tanto mayor intermezcla genética; mientras que en los oasis al norte más aislados, se promueve una mayor homogeneidad genética. Está estructura poblacional sugiere que la heterogeneidad en la distribución de oasis, han dejado huellas genéticas en el colibrí de Xantus, evidencias que no habían sido observadas en otras especies de vertebrados peninsulares. Se observó un dimorfismo morfológico en cuatro de los seis rasgos analizados en este trabajo; los machos fueron más grandes en tamaño (largo total) con alas más largas (cuerda alar y largo de cola) y pico más ancho. El análisis de Cluster permitió observar cuatros poblaciones geográficamente discretas: A) región sur, B) región sur-central, C) región central, y D) región norte. Individuos de la población fueron en promedio más pequeños, mientras que los individuos de las poblaciones B y C, tuvieron el pico más largo y ancho respectivamente. Los resultados del ANOVA, indicaron que las poblaciones y el sexo, influyen independientemente sobre las diferencias morfológicas del colibrí de Xantus. Estos resultados fueron parcialmente concordantes con el patrón de diferenciación genética de la especie; sin embargo, se sugiere que las condiciones locales relacionadas con la heterogeneidad ambiental y la distribución de los oasis son los factores más importantes que promueven niveles de diferenciación morfológica. El dimorfismo sexual en los rasos morfológicos observado en H. xantusii podría estar relacionado con el apareamiento y comportamiento social. La información generada en esta investigación ofrece la oportunidad de entender procesos históricos y recientes, e identificar regiones de alta diversidad genética y variación intraespecífica, información pertinente que debe ser aplicable a las estrategias de conservación necesarias para asegurar el potencial evolutivo de las especies. | es_MX |
dc.language.iso | Español | es_MX |
dc.publisher | Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C. | es_MX |
dc.title | Filogeografía y estructura genética poblacional del colibrí de xantus (hylocharis xantusii), endémico de la península de Baja California. | es_MX |
dc.documento.id | gonzalezrubio_c | es_MX |
dc.documento.inst | CIBNOR | es_MX |
dc.dirtesis.grado | Doctorado en Ciencias en el Uso, Manejo y Preservación de los Recursos Naturales | es_MX |
dc.dirtesis.disciplina | Ecología de Zonas Áridas | es_MX |
dc.dirtesis.universidad | Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C. | es_MX |
dc.dirtesis.facultad | Posgrado en Recursos Naturales | es_MX |
dc.documento.fecha | 2016-03-11 | |
dc.description.abstracten | The Baja California Peninsula (BCP) has been the subject of study by a diverse research works on phylogeography, due to its complex topographic, geologic, and climatic history. The main signal encountered is genetic discontinuity or phylogeographic structure of multiple taxa, where the distribution of phylogroups, provides evidence of the impact of vicariant events during the formation and separation of the BCP. However, few studies have resorted to alternative hypothesis (e.g. climatic fluctuations or dispersal events), or have integrated different molecular tools for understanding the relative influence of ancient and recent historical processes have on current patterns of genetic variation in species. This study constitutes the first research about genetic diversity and morphologic patterns of the single endemic hummingbird species of the BCP, the Xantus´ hummingbird (Hylocharis xantusii). This species distributes from the middle portion of the BCP to Los Cabos. Using a sample of 154 individuals we studied the genetic variation of three genes mitDNA (Cyt-b, COI y ND2; 2,297bp), 16 polymorphic microsatellite species-specific, also climatic information obtained from the ecological niche modeling (ENM), Last Interglacial Predictions (LIG), and the Last Glacial Maximum (LGM), as well as the variation on six morphological traits linked to sexual dimorphism in the species. The aim was to determine the relationship between the morphologic and genetic variation patterns and ancient historical events (geologic) as well as recent historical processes (Pleistocene climatic fluctuations and environmental heterogeneity). The spatial analysis of 56 haplotypes of mitDNA showed there are three mitochondrial lineages or populations that could be spatially differentiated; the phylogeographic structure consisting of a North (population D), Central (population C and B) and South (population A) regions. The estimated divergence times obtained between the mitochondrial haplotypes of six hummingbird species supports the hypothesis of two vicariant events: 1) the permanent separation of the peninsula and formation of the Gulf of California at 5 mya, and 2) temporary isolation of the southern region at the Isthmus of La Paz at 3 mya. The temporal frame of genetic differentiation of intraspecific haplotypes indicates that 90% of haplotypes diverged within the last 500,000 years, with a population increase 80,000 years ago. The haplotypes with the oldest divergence (ancestral, ~2.2 my) and most recent haplotypes (12,500 to 16,200 years) occurred in the South and North regions; both exhibit high levels of genetic diversity. As a result, unlike previous studies, in this work we suggest two refuge areas for the Xantus´ hummingbird: The Cape Region and a Northern refuge. The past times predictions on the ENM, support this two areas of refuge. The Northern refuge occurred during the LIG (approximately 130,000 years ago), while the Cape Region refuge happened during the LGM (21,000 years ago). The results from the mitochondrial haplotypes allowed to conclude that genetic variation patterns within and among hummingbird species are explained by ancestral historic events (Gulf of California formation and isolation of the Cape Region) as well as recent events (Pleistocene climatic fluctuations). Primers were designed for 16 loci microsatellite by pyrosequencing. The polymorphism was high when compared to other bird species. No disequilibrium in linkage for any loci was detected, and deviations from Hardy-Weinberg equilibrium were detected only in four loci. The average number of alleles per locus ranged from 4 to 10, and we observed up to 19 alleles per cross amplification. The results suggested that these primers could be used for comparative studies: Since the phylogenetically related species of the Xantus´ hummingbird (i.e. Hylocharis leucotis, Cynanthus latirostris, Calypte costae) had the best performance in the amplification and polymorphism (90%). The study of 111 microsatellite alleles in H. xantusii revealed two genetic populations geographically distinct: one in the North and one in the South. Bayesian analysis demonstrated there is less genetic mixing within individuals in the Northern population. The distribution of the latter is consistent with the oasis distribution. The Southern oasis are closer to each other, which promotes a higher genetic flow rate, therefore a better genetic mixing within individuals, in contrast, northern oases are more isolated. This has influence over a higher genetic homogeneity. This population structure suggests that heterogeneity in the oases distribution, have left genetic signals in the Xantus´ hummingbird; this evidence hasn´t been observed in other vertebrate species of the Peninsula. A morphological dimorphism was found in four over six traits analyzed in this study; males were bigger in size (total length) with larger wings (wing chord and tail length) and wider bills (bill width). Cluster analysis allowed observing four significant populations geographically discrete: A) south region; B) south-central region; C) central region; and D) north region. Individuals of population A were in average smaller, and individuals from populations B and C had larger and wider bills. ANOVA results indicated that populations and sex independently affect the morphological differences in Xantus’ hummingbird. These results are partially consistent with the pattern of genetic differentiation of the species; however we suggest that local conditions related to environmental heterogeneity and oases distribution are the most important factors that promote levels of morphological differentiation. Sexual dimorphism on morphological traits observed in H. xantusii could be related to mating and social behavior. The information obtained provides the opportunity to understand historical and recent processes and identify regions of high intraspecific genetic diversity and intraspecific variation, which is relevant information applicable to conservation strategies necessary to ensure the evolutionary potential of the species. | es_MX |
dc.documento.subject | Hylocharis xantusii; Peninsula de Baja California; filogeografía; vicarianza; pleistoceno; heterogeneidad ambiental; dimorfismo morfológico | es_MX |
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