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dc.contributor.advisorVázquez Juárez, Ricardo
dc.contributor.authorEscobedo Fregoso, Cristina
dc.date.issued2014es_MX
dc.identifier.urihttp://dspace.cibnor.mx:8080/handle/123456789/421
dc.description.abstractLa prevalencia del protozoario Perkinsus marinus fue evaluada en branquias del ostión de placer Crassostrea cortezienisis de dos esteros de Nayarit, México. El protozoario fue identificado mediante la amplificación por PCR de la región de espaciadores inter transcritos (ITS) del ADNr de Perkinsus spp. El patógeno fue encontrado en 92% de los ostiones de Boca de Camichín y 77% de los ostiones de Pozo Chino. Las secuencias ITS presentaron del 96–100% de similitud con P. marinus. La secuencia ITS mas frecuente (JQ266236) presentó 100% de identidad con el locus ITS de P. marinus de Nueva Jersey, Maryland, Carolina del Sur y Texas, y la segunda secuencia mas frecuente (JQ266240) mostró 100% de identidad con el ITS de P. marinus de Nueva Jersey, Carolina del Sur, Louisiana y Bahía Kino, Sonora, México. Las 14 secuencias de la región de espaciadores no transcritos (NTS) presentaron 98% de similitud con P. marinus de Texas. El polimorfismo mas frecuente se identificó en la posición nucleotídica 446 de la región ITS, sin embargo, el NTS fue la región mas polimórfica, sugiriendo que esta región es adecuada para identificación de genotipos, y la región mas conservada que fue el ITS es mejor para diagnóstico específico. Las secuencias ITS y NTS de P. marinus obtenidas de C. corteziensis fueron agrupadas en dos clados, identificando dos variantes alélicas de P. marinus. Mediante la amplificación por PCR de la región ITS de P. marinus, se identificó el protozoario en ostiones C. cortezienisis de Baja California Sur, México (KJ458987) que presentó 100% de identidad con P. marinus de Nayarit, México (JQ266240). La prevalencia en ostiones de BCS fue de 100% con intensidades 1–2, que fue mayor a ostiones de Nayarit (83.34%) con intensidades de 0–5. La intensidad de P. marinus en C. corteziensis aumentó de 1–2 a 2–5 con el incremento de la temperatura en condiciones experimentales. P. marinus causó 43.6% de mortalidad en ostiones inyectados con P. marinus, demostrando que C. corteziensis es susceptible a alta a altas dosis de P. marinus. Diferentes niveles de infección se registraron en ostiones inyectados con P. marinus a pesar de estar cohabitando. A partir de los 3 arreglos de ostiones con dos condiciones de infección natural por P. marinus procedentes de Nayarit y BCS, y de ostiones infectados experimentalmente, se obtuvieron 166 genes candidatos para ser genes de referencia. Se obtuvo que los genes RPL10, GAPDH, RPL10 fueron los mas estables, y el gen ACT–β fue el mas inestable. Los mecanismos de respuesta inmune identificados para C. corteziensis con bajas infecciones fueron: Receptores Toll, factor nuclear NF–κβ, autofagia, apoptosis y estrés oxidativo, y para ostiones con altas infecciones se identificaron genes de los procesos de inhibición de apoptosis y regulación negativa de apoptosis, y genes involucrados en la activación del factor nuclear NF–κβ. Genes involucrados en fagocitosis se presentaron en todas las condiciones de infección. Ostiones con bajas infecciones de P. marinus presentaron mayores niveles de expresión relativa respecto a ostiones con altas infecciones del inhibidor de serine proteasas, Duox o NADPH–oxidasa y ACT–β involucrados en la fagocitosis, el antioxidante SOD y GST, LPTNF y ECSIT que participan en la traslocación del factor NF–κβ activando genes de respuesta inmune, caspasas CAS8, inhibidores de apoptosis B–IAP y B–IAP2 y el fragmentador de ADN que participan en la apotosis. Peroxidasin, caspasa 3 e NF-K-Inh no presentaron diferencias entre condiciones de infección. Mediante secuenciación RNA–Seq Illumina 2000, se obtuvieron 133,814,590 lecturas de 100 pb, y del ensamblaje del transcriptoma de C. corteziensis realizado con CLC se obtuvieron 105,000 contigs con una longitud N50 de 918 pb. En este estudio se generó una aproximación transcriptomica de C. corteziensis, contribuyendo al conocimiento genómico de la especie, y a la identificación de genes en respuesta ante P. marinus. Se considera que el conjunto de la alta expresión relativa de inhibidores de serine proteasas, activación de los procesos de inflamación y apoptosis, contrarrestan la proliferación de P. marinus en C. corteziensis. La información generada permitirá profundizar en genes específicos que confieren resistencia ante patógenos.es_MX
dc.language.isoEspañoles_MX
dc.publisherCentro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C.es_MX
dc.titleGenotipificación de Perkinsus marinus e Inmunogenómica de Crassostrea corteziensis infectado con P. marinus aislado del noroeste de Méxicoes_MX
dc.typeTesises_MX
dc.dirtesis.gradoDoctorado en Ciencias en el Uso, Manejo y Preservación de los Recursos Naturaleses_MX
dc.dirtesis.disciplinaAcuiculturaes_MX
dc.dirtesis.universidadCentro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C.es_MX
dc.dirtesis.facultadPosgrado en Recursos Naturaleses_MX
dc.documento.fecha2014-08-28
dc.description.abstractenPrevalence of the protozoan Perkinsus marinus in the gills of the pleasure oyster Crassostrea corteziensis from two estuaries in Nayarit, Mexico, was measured. The protozoan was identified by PCR amplification of the internal transcribed spacer (ITS) region of the rDNA of Perkinsus spp. The pathogen was found in 92% of oysters from Boca de Camichín and 77% of oysters from Pozo Chino. ITS sequences characterized from C. corteziensis showed 96–100% similarity to P. marinus. The most frequent ITS sequence, (GenBank JQ266236) had 100% identity with the ITS locus of P. marinus from New Jersey, Maryland, South Carolina, and Texas, and the second most frequent observed sequence (GenBank JQ266240) was 100% identical to ITS sequences of P. marinus from New Jersey, South Carolina, Louisiana, and Bahía Kino, Sonora, Mexico. The 14 sequences from the non-transcribed spacer (NTS) showed 98% similarity to P. marinus from Texas. The most frequent polymorphism identified was at nucleotide 446 of the ITS region, however, the NTS showed the highest nucleotide diversity, thereby suggesting that this region is suitable for genotype identification. Moreover, the most conserved ITS marker is better for species-specific diagnosis. Both the ITS and NTS sequences of P. marinus obtained from C. corteziensis were grouped in two clades, identifying two allelic variants of P. marinus. P. marinus was identified in C. cortezienisis from BCS, Mexico culture (KJ458987). The Perkinsus ITS region amplified by PCR was 100% identity to P. marinus from Nayarit, Mexico (JQ266240). Prevalence in BCS oysters was 100% with P. marinus intensity 1–2, which was higher than Nayarit oysters (83.34%) with intensities 0–5. P. marinus intensity was increased from 1–2 to 2–5 when temperature was experimentally increased. The protozoan caused mortalities in 43% oysters injected with P. marinus, demonstrating the C. cortezienisis susceptibility to high P. marinus doses. Although, oysters injected with P. marinus were in cohabitation, oysters showed different infection levels. From tree arrays hybridized with oyster from two natural P. marinus infection from Nayarit and BCS, and experimental infection oysters, 166 candidates reference genes were obtained. RPL10, GAPDH, RPL10 genes were the most stables until ACT–β gene was the less stable. The Immune response mechanisms in C. corteziensis with low infection were: Toll receptors, nuclear factor, NF–κβ, autophagy, apoptosis and oxidative stress, until oyster with high infections show negative apoptosis regulation, and genes involved in factor nuclear NF–κβ activation. Phagocytosis genes were in all infection conditions. Oysters with low infection showed higher relative expression levels of serine proteases inhibitor, Duox or NADPH–oxidase and ACT–β involved in phagocytosis, the transcripts of antioxidant SOD and GST, LPTNF and ECSIT involved in translocation nuclear factor NF–κβ to activate the immune genes transcription, caspase 8, apoptosis inhibitors B–IAP and B–IAP2, and DNA fragmentation involved in apoptosis. Peroxidasin, caspase 3 and NF–K–Inh had no differences between infection conditions. Transcriptomic approach was sequenced by RNA–Seq Illumina 2000, obtained 133,814,590 reads of 100 pb. Reads were assembly by CLC, obtained 105,000 contigs with N50 length of 918 bp. Our study generated a C. corteziensis transcriptome approach, contributing to genomic knowledge of C. corteziensis, and were identified immune genes in response to P. marinus. Is considered that the over relative expression of serine proteases inhibitors, apoptosis and inflammation activation processes, offset P. marinus proliferation in C. corteziensis. The information generated will direct studies to focus on specific genes that confer resistance to pathogens.es_MX
dc.documento.subjectGenotipificación; Perkinsus marinus; Inmunogenómica; Crassostrea corteziensis; P. marinus aislado; noroeste de Méxicoes_MX


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  • Tesis Digitales CIBNOR
    Esta colección contiene texto completo de las tesis de Maestría y Doctorado del Programa de Posgrado del CIBNOR.

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