HERRAMIENTAS GENÓMICAS DE VANGUARDIA PARA EL MANEJO Y CONSERVACIÓN DE LA TOTOABA (Totoaba macdonaldi)

Abstract

"La Totoaba macdonaldi es un pez endémico del Golfo de California en peligro de extinción, sujeto a una intensa pesca ilegal por su buche y a un programa de repoblamiento mediante Unidades de Manejo para la Conservación de la Vida Silvestre (UMAs). Esta investigación tuvo como propósito caracterizar la diversidad, la estructura genética y el parentesco de la población silvestre y de los reproductores en cautiverio de dos UMAs: el Centro Reproductor de Especies Marinas del Estado de Sonora (CREMES) y la Universidad Autónoma de Baja California (UABC) a lo largo de tres generaciones, así como diseñar un panel reducido de SNPs in silico para la reconstrucción de pedigrí y la trazabilidad de la especie. A partir de la secuenciación ddRAD-seq de 145 individuos se obtuvo un conjunto neutral de 4,992 SNPs mediante ensamblaje de novo, con una profundidad de cobertura de 90× y un error de genotipificación de 0.03%. La población silvestre presentó una diversidad genética relativamente alta, ausencia de estructura genética (panmixia) y un tamaño efectivo poblacional grande (Ne > 9,000), mientras que los reproductores de las UMAs mostraron menor diversidad, una disminución progresiva de la riqueza alélica y la heterocigosidad esperada a lo largo de las generaciones, tamaños efectivos muy bajos (Ne < 20) y un elevado nivel de parentesco al interior de las UMAs. Se detectó diferenciación genética significativa entre la población silvestre y las UMAs, así como entre ambas UMAs. La asignación de origen con la base genómica completa tuvo una alta precisión de asignación, especialmente para los individuos silvestres con el set completo de SNPs. La selección de un panel reducido de 100 SNPs cuenta con elevada probabilidad de inclusión (> 97%) y de exclusión (> 97%) posibilitando la reconstrucción de pedigrí de ambas UMAs con la misma resolución que la base completa, y el panel combinado de 150 SNPs igualó el desempeño de asignación del conjunto de referencia. Se concluye que la totoaba silvestre presenta altos valores de variabilidad genética, en tanto que las UMAS requieren la incorporación de nuevos reproductores silvestres y el intercambio de material genético entre UMAs para frenar su erosión genética. El panel reducido de doble propósito constituye una herramienta potencialmente costo-efectiva y estandarizable para el manejo genético de las UMAs y la trazabilidad del recurso."