dc.contributor.advisor | Cruz Hernández, Pedro | es_MX |
dc.contributor.author | Pérez Valencia, Laura Izascum | es_MX |
dc.date.issued | 2011 | es_MX |
dc.identifier.uri | http://dspace.cibnor.mx:8080/handle/123456789/341 | |
dc.description.abstract | La almeja de sifón Panopea globosa es un bivalvo sésil, cuya distribución abarca
el Golfo de California hasta Bahía Magdalena. Debido a su alta rentabilidad, su
pesca inició el año 2002, aún sin tener un conocimiento amplio sobre su biología.
Para establecer un plan de manejo adecuado para la especie, es necesario saber
si estamos tratando con una sola población o bien con varias de ellas. Con el
objetivo de conocer los niveles actuales de diversidad genética y determinar si
existe estructura genética poblacional se realizó un análisis basado en
microsatélites. Primeramente se identificaron marcadores microsatélite específicos
para la especie, mediante la construcción de 5 librerías genómicas enriquecidas,
de las cuales se diseñaron 36 pares de cebadores obteniéndose dos marcadores
polimórficos útiles. Se analizaron organismo colectados en 3 localidades del Golfo
de California [San Felipe (SF), Puerto Peñasco (PP), Guaymas (GU)] y una
localidad de la costa occidental de la península de Baja California Sur [Bahía
Magdalena (BM)] . Se estimó la variabilidad genética expresada en, número de
alelos (nA), número de alelos efectivos (ne), heterocigosidad observada (Ho),
heterocigosidad esperada (He), riqueza alélica (AR) y coeficiente de endogamia
(FIS). Se realizaron pruebas de Equilibrio de Hardy-Weinberg (EHW) y
desequilibrio de ligamiento. Para detectar estructura genética poblacional se
calcularon los valores pareados de FST y 3 Análisis Moleculares de Varianza,
(AMOVA) con las siguientes jerarquías: Golfo de California vs Pacífico; PP-SF vs
BM-GU y PP-SF vs BM vs GU. Se encontraron niveles moderados de variabilidad
genética (nA=13.37, ne= 7.48, AR= 11.31, Ho=0.71, He= 0.87, FIS= 0.26). No se
observó desequilibrio por ligamiento. No se observó EHW en la mayoría de las
localidades, debido a déficit de heterocigotos, causado por alelos nulos. Se
observaron diferencias genéticas significativas entre BM y las dos localidades del
Alto Golfo, SF y PP (FST= 0.018, FST= 0.036, respectivamente). Ninguna de las
comparaciones entre los grupos formados para el AMOVA mostró algún valor
significativo, sin embargo BM, tiene una tendencia a ser una localidad distinta del
resto. En el presente análisis preliminar con dos loci microsatélites, se concluye
que los valores de variabilidad y estructura genética pueden estar sugiriendo que
existe estructura genética poblacional, en donde BM es una población distinta a
las del Alto Golfo de California, lo cual es explicado en base a los factores
ambientales que influyen en la dispersión larval. Con el fin de realizar un análisis
poblacional más robusto se recomienda ampliar el estudio con el uso de al menos
seis loci microsatélites polimórficos adicionales. | es_MX |
dc.language.iso | es | es_MX |
dc.publisher | Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C. | es_MX |
dc.title | Variabilidad genética de la almeja de sifón Panopea globosa (Dall, 1898) en el Noroeste de México | es_MX |
dc.documento.id | cibnor.2011.perez_l | es_MX |
dc.documento.indice | perez_l | es_MX |
dc.documento.inst | cibnor | es_MX |
dc.dirtesis.grado | Maestría en Ciencias en el Uso, Manejo y Preservación de los Recursos Naturales | es_MX |
dc.dirtesis.disciplina | Biología Marina | es_MX |
dc.dirtesis.universidad | Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C. | es_MX |
dc.dirtesis.facultad | Posgrado en Recursos Naturales | es_MX |
dc.documento.fecha | Marzo, 2011 | es_MX |
dc.description.abstracten | The geoduck clam Panopea globosa is a sessile bivalve, whose distribution covers
the Gulf of California to Bahia Magdalena. Due to its high profitability, fishery
began in 2002, even without extensive knowledge about its biology. To establish
an adequate management plan for the species, it is necessary to know whether
we are dealing with a single population or several of them. With the goal of
knowing the population genetic structure, specific microsatellite markers were
identified, through the construction of 5 enriched genomic libraries. 36 pairs of
primers were designed and only two yielded polymorphic markers. Samples from 3
location in the Gulf of California [San Felipe (SF), Puerto Peñasco (PP), Guaymas
(GU)] and one from the Pacific [Bahia Magdalena (BM)] were analyzed. We
estimated the genetic variability expressed in number of alleles (nA), number of
effective alleles (ne), observed heterozygosity (Ho), expected heterozygosity (He),
allelic richness (AR) and inbreeding coefficient (FIS). Hardy-Weinberg equilibrium
(HWE) and linkage disequilibrium were tested as well. To detect population genetic
structure FST paired values were calculated and three Analysis Molecular of
Variance, AMOVA (Gulf of California vs Pacific PP-SF vs BM-GU, PP-SF vs GU vs
BM). We found moderate levels of genetic variability (nA = 13.37, ne = 7.48, AR =
11.31, Ho = 0.71, He = 0.87, FIS = 0.26). Linkage disequilibrium was not observed.
Deviation to HWE was observed due to heterozygote deficiencies, caused by null
alleles in most locations. Significant genetic differences were observed between
BM and the two localities of the Upper Gulf, SF and PP (FST = 0.018, FST = 0.036,
respectively). None of the comparisons between the groups formed for the AMOVA
showed any significant F value, however BM has a tendency to be a different
location from the rest. In this analysis approach with two microsatellite loci, we
conclude that the values of variability suggested population genetic structure,
where BM is a distinct population of the Upper Gulf of California, probably due to
environmental factors influencing larval dispersal. To make a more robust
population analysis is recommended to extend the study to at least six additional
polymorphic microsatellite loci. | es_MX |
dc.documento.subject | Panopea globosa; genetic variability; genetic structure; microsatellites | es_MX |