Caracterización genética de especies acuícolas mediante paneles de SNPs de baja densidad. Genetic characterization of aquaculture species by low-density SNP panels.

Abstract

"El sector acuícola presenta un elevado crecimiento con una proyección a alcanzar una producción mundial de 106 millones de toneladas de pescados y mariscos en el 2030. Para ello, se requiere la implementación de programas de manejo y selección genética basados en el monitoreo de la variabilidad genética, la endogamia y el pedigrí de los lotes de cultivo. En este estudio se implementó la metodología 2bRAD para caracterizar genéticamente especies de cultivo acuícola con paneles de baja densidad de 150 a 500 marcadores genéticos tipo SNPs (Polimorfismos de Nucleótido Simple). La implementación de la técnica 2bRAD con corte del DNA con la enzima BcgI y el uso de adaptadores con cuatro bases selectivas, generó paneles de baja densidad de 114 y 159 SNPs para el ostión del Pacífico Crassostrea gigas y el jurel Seriola rivoliana, respectivamente. Los paneles para estas especies se validaron con pruebas de parentesco, por lo que son adecuados para estudios de variabilidad genética y seguimiento del pedigrí de lotes de cultivo. Para el camarón Penaeus (Litopenaeus) vannamei los paneles de mediana y alta densidad (2,874 y 19,105 SNPs, respectivamente), tienen aplicación potencial para estudios de asociación amplia al genoma de marcadores a caracteres de interés. La plataforma 2bRAD desarrollada es potencialmente aplicable a otras especies de peces marinos de cultivo como huachinango, pargo lunarejo y totoaba."