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ANÁLISIS DE LA DIVERSIDAD GENÓMICA DE Porites panamensis EN EL PACÍFICO ORIENTAL TROPICAL: UNA PERSPECTIVA PAISAJÍSTICA
| dc.contributor.advisor | Paz García, David Arturo | |
| dc.contributor.author | Bolaños Duran, Erick | |
| dc.date.issued | 2026 | |
| dc.identifier | https://cibnor.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1001/3144 | |
| dc.identifier.uri | http://dspace.cibnor.mx:8080/handle/123456789/3363 | |
| dc.description.abstract | "Comprender el rol de la adaptación local y los procesos neutrales en la diversidad genética de los corales formadores de arrecife es esencial para guiar su conservación. En el Pacífico Oriental Tropical (POT), región prioritaria para estos esfuerzos, las condiciones ambientales contrastantes y los hábitats fragmentados podrían moldear la distribución de la diversidad genética de especies como Porites panamensis, un coral incubador fundamental en la región. Mediante un enfoque de genómica del paisaje marino se analizó cómo la heterogeneidad ambiental del POT moldea la diversidad genética neutral y adaptativa en esta especie. Se clasificó el paisaje marino a partir de series de tiempo satelitales (1998–2020) con siete variables fisicoquímicas, delimitando el POT en 15 paisajes marinos mediante técnicas de aprendizaje automático. Dentro de este mosaico ambiental, se analizaron 152 colonias de P. panamensis en 22 localidades del POT mediante la técnica ddRAD-seq, incluyendo a siete colonias de P. sverdrupi como grupo externo ante la creciente evidencia de taxones crípticos en corales. Los análisis a escala del POT identificaron seis grupos genéticos, revelando una diferenciación genética abrupta en las colonias del sur (Costa Rica y Pacífico mexicano), comparables o superiores a los niveles interespecíficos, sugiriendo la presencia de diversidad críptica. Estos patrones indican que barreras geográficas persistentes, como las brechas de Centroamérica y de Sinaloa, restringen el flujo génico y favorecen procesos de diferenciación alopátrica en especies con capacidad de dispersión limitada. El enfoque paisajístico se restringió al Golfo de California (GC) donde se identificaron cuatro grupos genéticos (PP1–PP4). Estos mostraron una alta conectividad genética a lo largo de la costa peninsular, en contraste la presencia de grupos genéticos aislados en las costas continentales y periféricas. El análisis de redundancia parcial indicó que la estructura poblacional se explicó principalmente por procesos neutrales, mientras que la fracción puramente ambiental fue mínima. En consecuencia, la estructura genética de P. panamensis en el GC parece estar influida principalmente por procesos demográficos en interacción con la disponibilidad de hábitat y la circulación oceánica, más que por selección divergente..." | es |
| dc.format | es | |
| dc.language.iso | spa | es |
| dc.publisher | Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S. C. | es |
| dc.rights | Acceso abierto | es |
| dc.subject | aprendizaje automatizado, genómica del paisaje, ddRADseq, diferenciación genética, coral incubador | es |
| dc.subject | Machine learning, Seascape genomics, ddRADseq, Genetic differentiation, Brooding coral | es |
| dc.subject.classification | Genética | es |
| dc.title | ANÁLISIS DE LA DIVERSIDAD GENÓMICA DE Porites panamensis EN EL PACÍFICO ORIENTAL TROPICAL: UNA PERSPECTIVA PAISAJÍSTICA | es |
| dc.type | doctoralThesis | es |
| dc.dirtesis.grado | Doctor en Ciencias | es |
| dc.dirtesis.disciplina | Biología Marina | es |
| dc.dirtesis.universidad | Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S. C. | es |
| dc.dirtesis.facultad | Doctorado en Ciencias en el Uso, Manejo y Preservación de los Recursos Naturales | es |
| dc.description.abstracten | "Understanding the role of local adaptation and neutral processes in the genetic diversity of reef-building corals is essential for guiding their conservation. In the Eastern Tropical Pacific (ETP), a priority region for such efforts, contrasting environmental conditions and fragmented habitats could shape the distribution of genetic diversity in species such as Porites panamensis, a key brooding coral in the region. Using a seascape genomics approach, we analyzed how environmental heterogeneity in the ETP shapes neutral and adaptive genetic diversity in this species. The seascape was classified based on satellite time series (1998–2020) using seven physicochemical variables, delineating the ETP into 15 seascapes via machine learning techniques. Within this environmental mosaic, 152 P. panamensis colonies from 22 TEP localities were analyzed using ddRAD-seq, including seven P. sverdrupi colonies as an outgroup given the increasing evidence of cryptic taxa in corals. Analyses at the ETP scale identified six genetic groups, revealing abrupt genetic differentiation in southern colonies (Costa Rica and the Mexican Pacific), comparable to or exceeding interspecific levels, suggesting the presence of cryptic diversity. These patterns indicate that persistent geographic barriers, such as the Central American and Sinaloa gaps, restrict gene flow and favor allopatric differentiation processes in species with limited dispersal capacity. The seascape approach was restricted to the Gulf of California (GC), where four genetic groups (PP1–PP4) were identified. These groups exhibited high genetic connectivity along the peninsular coast, contrasting with the presence of isolated genetic groups on continental and peripheral coasts. Partial redundancy analysis indicated that population structure was explained mainly by neutral processes, whereas the purely environmental fraction was minimal. Consequently, the genetic structure of P. panamensis in the GC appears to be influenced primarily by demographic processes interacting with habitat availability and ocean circulation, rather than by divergent selection. Although neutral processes predominate, the demographic self-sufficiency of certain genetic groups suggests that recovery from disturbances depends on local survivors. In the current climatic context, integrating these groups with limited connectivity into long-term monitoring programs is a priority." | es |

