PREDICCIÓN in silico DE miRNAs DE Solanum lycopersicum COMO MECANISMO DE DEFENSA (RNAi) ANTE DIFERENTES BEGOMOVIRUS REPORTADOS EN BCS.
Resumen
"El RNAi o silenciamiento génico, es un sistema que se ha documentado para el control de infecciones begomovirales en cultivos de interés agrícola; pero su nivel de eficiencia es determinado por el uso de construcciones genéticas, las cuales contienen secuencias blanco al begomovirus, por lo que, el diseño de estas construcciones son de gran importancia; dentro del amplio número de investigaciones para este tema, el análisis in silico de los miRNAs tiene un rol importante, donde se agrupan criterios de selección para generar estas construcciones in silico. El objetivo de este estudio, es una predicción in silico de los miRNAs en Solanum lycopersicum que pueden unirse al genoma de los begomovirus ToChLPV, TYLCV, SLCuV y PepGMV reportados en BCS, con el potencial de utilizarse posteriormente en un sistema de silenciamiento génico, contra infecciones begomovirales mixtas. Con los resultados de este análisis in silico, se identificaron diferentes miRNAs que pueden unirse al genoma de los cuatro begomovirus mencionados, de los cuales algunos tienen como objetivo múltiples genes/región. El mayor número de sitios blanco para los miRNAs se encontró en los genes C1, C4 y la región intergénica (IR). El análisis de la similitud mostró los valores más bajos de identidad para las mismas regiones (C1, C4 e IR). Mientras que el análisis de diversidad y presión de selección mostraron el valor más alto de diversidad (π) para C4, C1 y V1. El gen C4 mostró estar bajo un mayor efecto de selección positiva, mientras C1 y V1 tienen efecto de presión negativa. Lo que se reflejó en una mayor acumulación de mutaciones sinónimas para V1/C1 y no sinónimas para C4. Estos datos refuerzan la idea de que los miRNA candidatos juegan un importante papel en el silenciamiento de estos begomovirus de manera natural y en infecciones mixtas. Con este análisis de predicción in silico se propone como candidatos a mir395 y mir9477 para el diseño de construcciones que activen el silenciamiento génico, porque que tienen sitios objetivos en TYLCV, SLCuV, PepGMV, ToChLPV, y sobretodo porque se ha documentado que estos miRNAs no tienen efectos secundarios para el hospedero."