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EXPRESIÓN DIFERENCIAL DE GENES EN Cladocopium sp. DE DOS ESPECIES DE CORAL EN EL GOLFO DE CALIFORNIA.
| dc.contributor.advisor | Balart Páez, Eduardo Francisco | |
| dc.contributor.advisor | Hellberg, Michael | |
| dc.contributor.author | MENDEZ MENDEZ, SOFIA MARIVEL | |
| dc.date.issued | 2020 | |
| dc.identifier | https://cibnor.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1001/1863 | |
| dc.identifier.uri | http://dspace.cibnor.mx:8080/handle/123456789/3016 | |
| dc.description.abstract | "La simbiosis entre corales y los dinoflagelados de la familia Symbiodiniaceae, depende de la disponibilidad de luz solar que se atenúa con la profundidad y latitud. Los corales Porites panamensis y P. sverdrupi difieren en morfología, preferencias de sustrato y zonación vertical, pero coexisten en El Requeson, Bahía Concepción, Golfo de California. En este sitio, P. panamensis ocurre en rocas en aguas someras mientras que P. sverdrupi se distribuye más profundamente como colonias de vida libre asociadas a camas de rodolitos. El objetivo de este estudio fue evaluar la influencia de la profundidad y el hospedero (P. panamensis y P. sverdrupi) sobre la funcionalidad metabólica de los simbiontes Cladocopium mediante un análisis de expresión diferencial de los genes sobre expresados de los simbiontes. Para ello fueron recolectados seis fragmentos de cada hospedero y se generaron librerías pareadas de ARN-seq con lecturas de longitud de 150 pares de bases. Se encontraron 11,749 y 15,877 genes expresados por Cladocopium sp. en P. panamensis y P. sverdrupi, respectivamente. De estos, 107 se expresaron diferencialmente (p 0.01): 74 sobre-expresados en P. panamensis y 33 sobre-expresados en P. sverdrupi. Las funciones en los genes sobre-expresados en Cladocopium sp. proveniente del coral de aguas someras, se relacionan con la respuesta a estrés y la reparación del daño al ADN inducido por rayos UV. Los genes sobre-expresados en Cladocopium sp. proveniente del coral de aguas profundas presentan funciones asociadas a la degradación de las proteínas y modificaciones postraduccionales, que podrían estar relacionadas con estrés por baja penetración de luz y altos niveles de nutrientes disueltos. Las funciones de estos genes expresados diferencialmente sugieren que la respuesta a estrés de Cladocopium sp. puede desempeñar un papel en la adaptación fisiológica a diferentes profundidades y hábitats." | es |
| dc.format | es | |
| dc.language.iso | spa | es |
| dc.publisher | Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C. | es |
| dc.rights | Acceso abierto | es |
| dc.subject | Cladocopium, Porites, luz, respuesta a estrés, profundidad | es |
| dc.subject | light, stress response, depth | es |
| dc.subject.classification | GENÉTICA DE POBLACIONES | es |
| dc.title | EXPRESIÓN DIFERENCIAL DE GENES EN Cladocopium sp. DE DOS ESPECIES DE CORAL EN EL GOLFO DE CALIFORNIA. | es |
| dc.type | masterThesis | es |
| dc.dirtesis.grado | Maestría en Ciencias en el Uso, Manejo y Preservación de los Recursos Naturales | es |
| dc.dirtesis.disciplina | Biología Marina | es |
| dc.dirtesis.universidad | Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C. | es |
| dc.dirtesis.facultad | Posgrado en Recursos Naturales | es |
| dc.description.abstracten | "The symbiosis between corals and their algal symbionts hinges on the availability of sunlight, which attenuates with depth and with latitude. Holobionts living near the extremes of where this symbiosis can flourish may reveal critical physiological links in the coral: zooxanthellae relationship. The high-latitude corals Porites panamensis and P. sverdrupi differ in morphology, substrate preferences, and vertical zonation but co-occur at El Requeson, Concepcion Bay, Gulf of California. P. panamensis occurs on rocks in shallow waters at this site, while P. sverdrupi occurs deeper as free-living colonies associated with rhodolith beds. The aim of this study was to evaluate the influence of the host (P. panamensis and P. sverdrupi) and depth in the metabolic functions of Cladocopium through differencial gene expression analysis. We report differentially expressed genes from Cladocopium sp. zooxanthellae from these two hosts. We collected six fragments from each coral host and made RNA-seq paired end libraries of 150 bp read length. We found 11,749 and 15,877 genes expressed by Cladocopium sp. in P. panamensis and P. sverdrupi, respectively. 107 of these were differentially expressed (p-value 0.01): 74 up-regulated in P. panamensis and 33 up-regulated in P. sverdrupi. Genes over-expressed in the Cladocopium of the shallow water P. panamensis had molecular functions related to stress response (both general and specifically to temperature) and the repair of UV-induced DNA damage, while over-expressed genes in the Cladocopium of the deeper water P. sverdrupi were involved in protein degradation and post-translational modifications, which could be related to low light penetration stress and high levels of dissolved nutrients. The functions of these differentially expressed genes suggest that the stress response of Cladocopium sp. may play a role in physiological adaptation to different depth and habitats." | es |
