Desarrollo y evaluación de métodos moleculares para la detección e identificación de dinoflagelados tóxicos y nocivos en las costas de Baja California Sur

Abstract

"En la actualidad, no existe un programa formal y bien establecido para el monitoreo de eventos de Floraciones Algales Nocivas (FAN) en las costas de México, la mayoría de los esfuerzos en este sentido se enfocan en la caracterización taxonómica y recuento de los organismos presentes en las muestras. Estas actividades conllevan tiempo y la necesidad de contar con taxónomos de fitoplancton. Por lo tanto, es necesario el desarrollo de nuevas técnicas para la rápida detección y enumeración de las especies formadoras de FAN. En este documento se presentan las principales actividades desarrolladas y los resultados obtenidos a la fecha. Para el análisis de comunidades, se llevó a cabo la estandarización de la técnica: Polimorfismo Conformacional de Cadena Sencilla acoplado a electroforesis capilar (CE-SSCP); análisis de disociación (HRM) y el diseño de sondas para la detección especie-específica. En el caso de CE-SSCP se analizaron 3 fragmentos: I) V4 18S SSU; II) D1/D2 28S LSU y III) D7 28S LSU, de los que el fragmento D7 presentó la mejor resolución. Para la detección especie-específica, se diseñaron diferentes sondas de hibridación utilizando el software ARB. Estas sondas son especie-específicas para la identificación de Prorocentrum rathymum, P. maculosum y P. belizeanum, y se diseñaron sondas grupo-específico para discriminar entre especies del género Prorocentrum con hábitos bentónicos y planctónicos. Adicionalmente, se presentan los resultados obtenidos durante el entrenamiento recibido para el montaje de la técnica de Hibridación Fluorescente in situ (FISH) y microarreglos. Finalmente, el análisis de disociación mostró resultados similares a los obtenidos con CE-SSCP en donde el fragmento V4 18S presentó múltiples temperaturas de disociación y D2 28S tiene una resolución insuficiente para distinguir entre las especies estudiadas."