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Caracterización genómica del virus del síndrome de la mancha blanca (WSSV) en camarón blanco del Pacífico (Litopenaeus vannamei) del noroeste de México

dc.contributorRICARDO VAZQUEZ JUAREZ
dc.creatorDELIA PATRICIA PARRILLA TAYLOR
dc.date2018
dc.identifierhttp://cibnor.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1001/1392
dc.identifier.urihttp://dspace.cibnor.mx:8080/handle/123456789/2745
dc.description"El virus del síndrome de la Mancha Blanca (WSSV, por sus siglas en inglés) es un virus de ADN de doble cadena de alrededor de 300 Kb, que ha sido una amenaza en la industria de camaronicultura desde su primer reporte en China en 1992 y a partir del cual se diseminó a todo el mundo. Actualmente, varios aislados han sido descritos en base a su secuencia genómica mostrando regiones con deleciones, inserciones y mutaciones por lo que varios autores sugieren que existe relación entre tamaño del genoma de WSSV y fitness, atribuyendo mayor ventaja de replicación a genomas más cortos. En este trabajo fue secuenciado el genoma completo de nueve cepas de WSSV (2005-2009) aisladas de camarón blanco (Litopenaeus vannamei) colectados en granjas del Noroeste de México (Sinaloa y Nayarit). El tamaño de los genomas ensamblados varió de 255 a 290 Kb y los análisis comparativos revelaron que en siete cepas existen deleciones de 3 y 10 Kb en dos regiones del genoma a diferencia de dos aislados que presentaron deleciones de menor tamaño. El análisis filogenético reveló que las cepas de WSSV del norte del estado de Sinaloa se agrupan con WSSV-China (LC1, LC10, DVI) y Corea (ACF2, ACF4), mientras que cepas del estado de Nayarit son más parecidas a WSSV de Taiwán. Los resultados demuestran la variación entre aislados de WSSV y además sugiere que hubo múltiples introducciones de WSSV a la región. De los genomas analizados, se seleccionaron cinco cepas de WSSV que presentaron diferencias tanto en la arquitectura de genoma como en su virulencia (alta virulencia, cepas JP y LG; moderada virulencia, cepas GVE05 y DIV; y baja virulencia, cepa LC10) y la patogénesis de las cepas fue evaluada a través de un cultivo primario de hemocitos, donde se evaluó in vitro la expresión de genes relevantes en la respuesta inmune como proteína activadora de fagocitosis (PAP), superóxido dismutasa dependiente de manganeso (MnSOD) y peroxiredoxina (PRX) de camarón, además de dos genes de expresión temprana-inmediata de WSSV (IE1 y WSSV304) en un proceso post-infección. La expresión de PAP fue significativamente más alta a 1 y 3 hpi y las cepas JP y LC10 indujeron la mayor expresión..."
dc.description"White spot syndrome virus (WSSV) contains a double-stranded DNA genome of about ~300 Kb which has been a serious threat in the shrimp culture since the first report in China in 1992 from which the virus spread rapidly worldwide. Based on the genomic sequence, several strains have been described showing deletions, insertions and mutation areas so several authors suggest a link between WSSV genome size and fitness, attributing high rates of replication to small genomes. In this study, complete genome sequences were determined for nine historic WSSV strains (2005-2012) isolated from the Pacific White shrimp (Litopenaeus vannamei) captured in farm ponds in northwest Mexico (Sinaloa and Nayarit). Complete genome sequences were assembled (length range 255-290 Kb) and comparative genome analysis with WSSV strains revealed substantial deletions (3 and 10 Kb in two regions) in seven strains, with two strains differing from the rest. Phylogenetic analysis identified that the WSSV strains from the northern area of the state of Sinaloa clustered with strains from China (LC1, LC10, DVI) and Korea (ACF2, ACF4), while those from the southern region of the state of Nayarit (AC1 and JP) were clustered with strains from Taiwan. Our data offer insights into the diversity between WSSV strains and also suggest that it entered Mexico via multiple routes. From these results, five WSSV strains differing in genome architecture as well as in virulence (high virulence JP and LG strains; moderate virulence GVE05 and DIV strains; and low virulence LC10 strain) were selected and the phatogenesis was evaluated in vitro using a primary haemocyte cell culture, the expressions of immune-related genes such as the phagocytosis activating protein PAP, manganese superoxide dismutase MnSOD and peroxiredoxin PRX from shrimp and two WSSV of immediate-early expression genes (IE1 and WSSV304) in a post-infection process were analyzed. PAP expression was significantly higher at 1 and 3 hpi, and JP and LC10 strains induced the highest expression. Response of MnSOD was high at 1 hpi, and a significant increase of the expression of PRX was detected at 3 hpi due to the occurrence of oxidative burst; expression levels of MnSOD and PRX were significantly higher at 1 hpi and 3 hpi, respectively, induced by the LG strain (high virulence) suggesting an acute response..."
dc.formatapplication/pdf
dc.languagespa
dc.publisherCentro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C.
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rightshttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0
dc.subjectinfo:eu-repo/classification/AUTOR/Virus del síndrome de la mancha blanca, captura de ADN, camarón blanco, secuenciación de genomas, expresión genética, WSSV
dc.subjectinfo:eu-repo/classification/AUTOR/White spot syndrome virus, White shrimp, DNA capture, genome sequencing, genetic expression
dc.subjectinfo:eu-repo/classification/cti/2
dc.subjectinfo:eu-repo/classification/cti/24
dc.subjectinfo:eu-repo/classification/cti/2420
dc.subjectinfo:eu-repo/classification/cti/242091
dc.subjectinfo:eu-repo/classification/cti/242091
dc.titleCaracterización genómica del virus del síndrome de la mancha blanca (WSSV) en camarón blanco del Pacífico (Litopenaeus vannamei) del noroeste de México
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesis
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/acceptedVersion


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