"El Desierto Sonorense actúa como una importante área de diversificación y endemismos de la biota, ocasionado por la compleja historia geológica y climática. Las rupturas filogeográficas observadas en la región de la Península de Baja California han sido concordantes en múltiples taxas, siendo indicativos de diversos procesos que han impactado comunidades enteras. Los eventos más recurridos para la explicación de estas rupturas son la formación del Golfo de California por desprendimiento del macizo continental y la aparición de los supuestos canales marinos transpeninsulares. Fouquieria columnaris, es una especie endémica de México, coloquialmente conocida como cirio. Su distribución abarca el desierto central de la Península de Baja California, y algunas localidades aisladas como la Sierra de San Francisco, el Volcán de Las Tres Vírgenes, la Isla Ángel de la Guarda, y en la Sierra Bacha. Mediante el uso de dos espaciadores del ADN cloroplástico (psbJ-petA y ndhF-rpl32), se determinó niveles de diversidad nucleotídica bajos (π=0.0025) pero altos en la diversidad haplotípica (h=0.9339). Se observó 28 haplotipos en el fragmento concatenado de las secuencias espaciadoras, que pudieron diferenciar cuatro poblaciones, A) población norteña conformada por individuos recolectados en el desierto central de la península, B) población sureña perteneciente al Volcán de Las Tres Vírgenes, C) población de Sierra de San Francisco y D) la población de Sierra Bacha. Tres eventos vicariantes pueden explicar esta estructura: a) La formación del Golfo de California (5.5 m.a.); b) El canal medio-transpeninsulares en la Península de Baja California (1 m.a.); y c) la actividad volcánica en el complejo de Las Tres Vírgenes (1.2 m.a.). Las estimaciones de tiempos de divergencia apoyan estos hallazgos. Es posible que el patrón filogeográfico de F. columnaris puede estar asociado no solo a estos eventos geológicos históricos, sino que eventos de fluctuaciones climáticas durante el Pleistoceno (eventos glaciares-interglaciares), los cuales pudieron haber participado en la formación de refugios climáticos para la especie. Otros factores tales como la limitada capacidad de dispersión debido a su corto rango de distribución por anemocoria, la sensibilidad climática de la especie, y la heterogeneidad ambiental del centro de la Península de Baja California, pudieron contribuir a la fragmentación de las poblaciones a partir de un rompimiento de flujo genético histórico...""The Sonoran Desert acts as an important area of biota diversification and endemism, caused by the complex geological and climatic history. The phylogeographic ruptures observed in the region of the Baja California Peninsula have been concordant in multiple taxa, being indicators of diverse processes that have impacted entire communities. The most recurrent events to explain these ruptures are is the formation of the Gulf of California by detachment of the continental massif and the appearance of the supposed transpeninsular marine channels. Fouquieria columnaris, is an endemic species of Mexico, colloquially known as cirio. Its distribution includes the central desert of the Baja California Peninsula, and some isolated localities such as the Sierra de San Francisco, the Volcano Las Tres Vírgenes, the Island of Ángel de la Guarda and the locality in Sierra Bacha. By using two chloroplast DNA spacers (psbJ-petA and ndhF-rpl32), we found low nucleotide diversity levels (π = 0.0025) but high haplotypic diversity (h = 0.9339). A total of 28 haplotypes were recorded in the concatenated fragment of the spatial sequences, which differentiated four populations, A) northern population formed by individuals collected in the central desert of the peninsula, B) southern population belonging to the Volcano of Las Tres Vírgenes, C) population of Sierra de San Francisco and D) the population of Sierra Bacha. Three vicarious events can exploit this structure: a) The formation of the Gulf of California (5.5 m.a.); b) The mid-peninsular seaway in the Peninsula of Baja California (1 m.a.); and c) volcanic activity in Las Tres Virgenes complex (1.2 m.a.). Estimates of divergence times support these findings. Other phenomena may explain this phylogeographic pattern observed in F. columnaris. For example, climatic fluctuations during the Pleistocene (glacial-interglacial events), which may have participated in the formation of climatic refuges for the species, or factors such as the limited dispersal capacity due to its short range of distribution by anemocory, the climatic sensitivity of the species, and the environmental heterogeneity of the center of the Baja California Peninsula. These results allow explaining the evolutionary processes of the species, besides being identified regions of high genetic diversity that can be useful as evolutionary significant units (ESU) for the use, management and conservation, ensuring the gene pool and evolutionary potential of the species"