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Obtención y análisis de secuencias de genes expresados en hepatopáncreas de Penaeus vannamei a partir de oligonucleótidos diseñados para identificar inhibidores de proteinasas

dc.contributorCLAUDIO HUMBERTO MEJIA RUIZ
dc.creatorJUANA MELIZA GUTIÉRREZ AYALA
dc.date2003-08
dc.identifierhttp://cibnor.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1001/492
dc.identifier.urihttp://dspace.cibnor.mx:8080/handle/123456789/2649
dc.description"En la actualidad, a pesar de la importancia económica que ha representado el cultivo del camarón en las últimas décadas, no se conoce mucho acerca de su organización genómica básica. Entre las tecnologías de la bioquímica aplicables a la acuicultura está la genómica, la cual permite encontrar genes útiles para el mantenimiento y aprovechamiento de los organismos. Las secuencias expresadas, son una herramienta disponible en la investigación para estudios de fisiología, genética, evolución y mapeo genético de una especie, lo cual con respecto al empleo de prácticas tradicionales en acuicultura proporcionan nuevas perspectivas. Para el presente trabajo se diseñaron seis iniciadores degenerados específicos para detectar transcritos de genes que codifican para inhibidores de proteinasas en el hepatopancreas del camarón blanco Penaeus vannamei. Se utilizaron dos metodologías para cumplir nuestros objetivos. Primeramente, para obtener e identificar los transcritos se sacrificaron camarones obtenidos de un estanque en condiciones optimas de cultivo. Se extrajo ARN de hepatopáncreas y se utilizó como templado en un RT-PCR con todos los iniciadores. Se clonaron los productos amplificados y se secuenciaron clonas positivas. Se obtuvieron 50 transcritos diferentes que codifican al menos para 35 genes distintos. Las proteínas deducidas tuvieron similitudes entre 25% y 50% contra las reportadas en el Banco Genómico de datos del NCBI, sugiriendo la expresión de proteínas de membrana y/o estructurales, además de otras proteínas como la hemicentina, la mucina intestinal de mamíferos, un precursor del factor de coagulación en Takifugu rubipes, algunas proteínas de choque térmico no reportadas para la especie en estudio y proteínas con función aún no descrita en Drosophila melanogaster y en otros artrópodos. Solo dos secuencias, mostraron identidad con secuencias ya reportadas para P. vannamei, una que sugiere una proteína relacionada con el control de la presión de la hemolinfa y la osmorregulación y otra que codifica para la subunidad 18s de ARN ribosomal. Por otro lado, para determinar la expresión de estos genes bajo condiciones de estrés fisiológico inducido, se sacrificaron camarones sometidos a diferentes períodos de ayuno. Se extrajo ARN de hepatopáncreas y se utilizó como templado en un RT-PCR con solo uno de los iniciadores. La electroforesis mostró variación en la expresión de transcritos..."
dc.description"At the present, although the economic importance that the shrimp culture have represented in the last decades, the knowledge about its basic genomic organization is very poor. The genomic, is one of the biochemical technologies that could be applied in aquaculture. The genomic permits us to find useful genes for the maintenance and exploitation of the organisms. The expressed sequences are an available tool for research in physiology, genetic, evolution and genetic mapping of the species, allowing the improvement of the traditional production practices. For this work, six degenerated primers were designed to detect gene transcripts that codify for proteinase inhibitors in the hepatopancreas of white shrimp Pennaus vannamei. Two different methodologies were followed to achieve our aims. To obtain and identify such transcripts, shrimps grown under optimal conditions were sacrificed for hepatopancreas RNA extraction. The isolated RNA was used as template for cDNA amplification by RT-PCR technique using all the designed primers. The amplified products were cloned and the positive clones were sequenced. We obtained 50 different transcripts that codify at least for 35 distinct genes. The deduced proteins had homologies between 25 % and 35 % with reported sequences from the NCBI Gene Bank. These homologies suggested us the expression of membrane and/or structural proteins, as well as the expression of other proteins like hemicentin, mammal intestinal muccine, a coagulation factor precursor in Takifugu rubipes, some no reported heat shock proteins for this specie, and other proteins of still unknown function reported in Drosophila melanogaster and other arthropods. Only two of the all obtained sequences showed identity with sequences reported previously in P. vannamei, from which, the first seems to be a protein related with control of the blood pressure and osmoregulation, the second one is a protein that codifies for the 18s subunit of the ribosomal RNA. On the other hand, to determine the expression of these genes under physiological induced stress, a group of organisms were selected from different starvation periods. From the hepatopancreas of these organisms RNA was isolated and used as template for RT-PCR amplification. For this assay only one of the six degenerated primers was used. The agarose electrophoresis, of the amplified products, showed variations among the transcripts expression..."
dc.formatapplication/pdf
dc.languagespa
dc.publisherCentro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C.
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rightshttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0
dc.subjectinfo:eu-repo/classification/AUTOR/Penaeus vannamei, secuencias expresadas, inhibidores de proteinazas
dc.subjectinfo:eu-repo/classification/AUTOR/expressed sequences, proteinase inhibitors
dc.subjectinfo:eu-repo/classification/cti/2
dc.subjectinfo:eu-repo/classification/cti/24
dc.subjectinfo:eu-repo/classification/cti/2409
dc.subjectinfo:eu-repo/classification/cti/240990
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dc.titleObtención y análisis de secuencias de genes expresados en hepatopáncreas de Penaeus vannamei a partir de oligonucleótidos diseñados para identificar inhibidores de proteinasas
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/masterThesis
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/acceptedVersion


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