"El componente íctico críptico arrecifal incluye a aquellas especies o estadíos que debido a su tamaño, coloración y/o comportamiento, presentan dificultades en su identificación y cuantificación en los censos visuales. Para entender la dinámica de estas asociaciones y así poder formular hipótesis acerca de los mecanismos que regulan su diversidad y la distribución de sus especies, se contrastan diferencias y similitudes en los patrones “comunitarios” entre dos hábitats complejos como son los arrecifes coralinos y rocosos. Para ello, se realizaron colectas bimestrales con el anestésico Quinaldina en cabezas aisladas de coral y en paredes rocosas en distintos sitios de la Bahía de La Paz, B.C.S., México. Se registraron 93 especies pertenecientes a 27 familias, siendo Gobiidae y Labrisomidae las familias mejor representadas. Las especies dominantes en cabezas de coral fueron Cirrhitichthys oxycephalus, Scorpaenodes xyris y Stegastes rectifraenum; mientras que para paredes fueron Lythrypnus dalli, S. xyris y Apogon pacifica. Diferencias en la composición, densidad y biomasa se encontraron al comparar estos dos hábitats. Variaciones espaciales en cuanto a composición, abundancia, riqueza de especies y diversidad fueron detectadas en corales, pero no en el componente rocoso en la escala espacial analizada, aparentemente la escala local es más importante que la regional. Las características del hábitat que explicaron más variabilidad fueron cobertura de rocas y coral para las asociaciones coralinas y cobertura de algas coralinas para las asociaciones de paredes rocosas. En lo que respecta al efecto temporal, no se observa una correspondencia clara entre densidades y descriptores temporales, sin embargo existen diferencias estacionales en corales, mientras que en paredes prevalece la estabilidad. La comparación del uso de quinaldina contra los censos visuales, muestra diferencias importantes tanto en composición (omisión de hasta 35% del total de especies con censos visuales) de especies como en dominancia de las mismas.""Cryptic reef fishes have been subestimated in most of the community ecological studies. To understand assemblage dynamics and formulate hypotheses about the mechanisms that regulate diversity and species distribution, differences and similarities in assemblage patterns of two complex habitats (coral and rocky reefs) were compared. Bimonthly samples using quinaldine anesthetic were taken on isolated coral heads and rocky walls in 15 different sites of Bahía de La Paz, B.C.S, México. 93 species represented by 27 families were recorded. Gobiidae and Labrisomide incorporate the greatest number of species. Dominant species on isolated coral heads were Cirrhitichthys oxycephalus, Scorpaenodes xyris and Stegastes rectifraenum, and on rocky walls were Lythrypnus dalli, S. xyris and Apogon pacifica. Differences in species richness, density and biomass between habitats were determined. Spatial variability in composition, abundance, species richness and diversity were detected on isolated coral heads, but not on rocky walls, the local scale is apparently more important than the regional. Rock and coral coverture were the habitat structure characteristics that explained more variability were for coralline assemblages and coralline red algae coverture for rocky walls assemblages. Temporal analysis showed no clear relationship between densities and temporal descriptors; however temporal differences exist on isolated coral heads, while stability prevails on rocky walls. A comparison between visual census and quinaldine methods revealed apparent differences in both species composition (visual census omitted up to 35% of the total species number) and dominance."