La Papaya (Carica papaya L) es la tercera fruta tropical mas importante en el mundo. México es el segundo país en producción mundial y esta condición ha generado que exista un incremento en el interés de desarrollos biotecnológicos enfocados principalmente al uso de los microorganismos en el mejoramiento de la productividad de su cosecha. En el caso de las bacterias éstas juegan un papel fundamental en la nutrición, salud y crecimiento de las plantas mediante su asociación con la zona de la raíz. Por lo tanto, el objetivo de este trabajo radicó en analizar las poblaciones de bacterias dominantes asociadas a la rizósfera de la papaya a lo largo de tres etapas fenológicas (vegetativa, floración y fruto), y entre sexos de las plantas a partir de la etapa de floración, mediante una combinación de técnicas de cultivo tradicionales y análisis de SSCP del gen 16S rDNA, de las potenciales bacterias dominantes. Con la intención de realizar un análisis mas detallado de subgrupos bacterianos en los perfiles de SSCP, se utilizaron primers específicos para diferentes grupos filogenéticos (α-Proteobacteria y Pseudomonas). Los patrones de SSCP obtenidos, indicaron que la composición de la comunidad bacteriana varía en función de las distintas etapas fenológicas analizadas. La comparación de los genes del 16S amplificados mediante primers para grupos universales y α-proteobacterias también mostró una diferenciación entre los sexos de la planta. Por su parte los perfiles obtenidos para los grupos de Pseudomonas permanecieron constantes a lo largo de las tres etapas fenológicas, así como entre los sexos de la planta. A diferencia de los perfiles de SSCP, los análisis por métodos microbiológicos no permitieron detectar las diferencias en composición bacteriana a lo largo de las tres diferentes etapas.Papaya (Carica papaya L) is the third most important tropical fruit in the world. Mexico holds second rank in world-wide production, which has generated an increased interest in the development of biotechnology mainly focused on the use of microorganisms to improve crop productivity. Bacteria play a central role in nutrition, health, and plant growth through their association with the root zone. The purpose of this research was to determine, by a combination of traditional cultivation techniques, 16S rDNA identification using SSCP analysis, and followed by sequencing of possible dominant bacteria, the different and dominant bacterial populations associated with the papaya rhizosphere at three phenological stages (vegetative, flowering, and fruiting) and between the plant sexes after the flowering stage. To reduce the complexity of SSCP fingerprints and to analyze specific populations, specific primers for different phylogenetic groups were used. The comparison of SSCP patterns indicated that the composition of the rhizosphere community of bacteria, analyzed at different plant growth stages, was different. Comparison of 16S genes obtained by amplification of universal and α-Proteobacterial primers between sexes also showed differences. However, the profiles for the Pseudomonas group remained constant throughout the three phenological stages and between plant sexes. In comparison with the SSCP analysis, microbiological methods were unable to detect differences in bacterial composition between the three stages.