La lagartija de cola rayada Aspidoscelis hyperythra es una especie endémica de la península de Baja California con una amplia distribución y variación morfológica a lo largo de la península. Pese a que existen algunos estudios sobre la ecología y biología aún se sabe relativamente poco sobre parámetros como la variación, estructuración genética y flujo génico entre poblaciones, aspectos que son de importancia básica para conocer el estado de actual de la especie y fundamentales para proponer medidas que aseguren su conservación. Así, con el propósito de abordar un estudio sobre la diversidad genética de la especie y estructura genética de sus poblaciones se consideró como herramienta el desarrollo de marcadores microsatélite. Se construyó una librería genómica enriquecida con fragmentos microsatélite. De esta librería se secuenciaron 187 clonas, de las cuales 94 contuvieron microsatélites. De acuerdo al tipo de repetición y el tamaño del fragmento se sintetizaron 31 pares de cebadores, de los cuales se seleccionaron 10 pares de cebadores en base a la amplificación de productos específicos y polimorfismo observado. Estos cebadores mostraron ser funcionales en varias localidades peninsulares de A. hyperythra, además de presentar amplificación cruzada y polimorfismo en cinco taxa insulares pertenecientes al grupo A. deppii. Para estudiar la variación genética de la especie a nivel intra e interpoblacional se seleccionaron dos localidades peninsulares, separadas unos 100 km entre sí ,y una insular (Espíritu Santo) y se incluyó con fines comparativos a A. ceralbensis (Isla Cerralvo), especie cercanamente relacionada. Se encontraron niveles de diversidad genética de moderados a altos en A. hyperythra y consistentemente menores en A. ceralbensis. Se detectaron desviaciones al equilibrio de Hardy Weinberg generadas por un déficit de heterocigotos. Distintas pruebas sugirieron que factores como la endogamia poblacional, variación espacio-temporal e incidencia de alelos nulos pueden ser responsables del déficit observado. Contrariamente a lo esperado, las estimaciones de diferenciación genética (FST) y distancias genéticas (DCE) mostraron que las poblaciones de Comitán y Espíritu Santo se encuentran genéticamente menos diferenciadas que Comitán respecto a la otra población peninsular [...]The whiptail lizard Aspidoscelis hyperythra is an endemic species from the Baja California peninsula, broadly distributed and with morphological variation along its distribution. Some studies about the ecology and biology of the species has been done, however little information exist about population parameters as genetic variation, genetic structure and gene flow between populations, issues that are of central concern in conservation purposes. With the aim of addressing a study of the genetic diversity of the species and genetic structure of their populations, microsatellite markers were developed. An enriched genomic library was constructed. One hundred and eighty-seven clones were sequenced; ninety four of whose contain microsatellites. Thirty one pairs of primers were designed, selecting a final set of 10 pairs of primers depending on the specific amplified products and the observed polymorphism. These primers successfully amplified in several samples coming from different localities, and also cross-amplified on five insular taxa of the A. deppii group. Two peninsular localities and the island of Espiritu Santo were sampled for genetic variation purposes in A. hyperythra. We also included A. ceralbensis (Cerralvo island), a species closely related to A. hyperythra, in order to compare their genetic diversities. Levels of genetic variation were moderate to high in A. hyperythra and lower in A. ceralbensis. The four populations showed deviation from HWE due to a heterozygote deficit. Several test suggest than inbreeding, spatial-temporal variation and null alleles incidence could all of them responsible of the observed heterozygote deficit. Opposite to ours expectations, estimates of genetic differentiation (FST) and genetic distances (DCE) showed that populations of Comitan and Espiritu Santo are less differentiated than Comitan respect to Km128 (both of them are peninsular populations) [...]