El desarrollo de nódulos de manganeso con biopelículas dominadas por cianobacterias, en manantiales hidrotermales intermareales en Bahía Concepción, México, es un fenómeno extraño en la naturaleza. La diversidad de cianobacterias asociadas a manantiales hidrotermales intermareales, en general, no ha sido bien caracterizada. En el presente estudio se analizó la composición de la comunidad de cianobacterias asociada a macroestructuras microbianas, detectadas en manantiales hidrotermales intermareales en la Playa Santispac, en dos años de muestreo (2001 y 2008), a través de una aproximación polifásica. De los once morfotipos de cianobacterias que han sido detectados en trabajos previos en ambientes similares en otras partes del mundo, siete fueron detectados en este estudio. Adicionalmente, esta es la primera vez que se reportan los géneros Cyanobacterium, Gloeothece y Lyngbya, para un manantial hidrotermal intermareal bajo la influencia de agua de mar. Cinco grupos filogenéticos de cianobacterias, correspondientes a las subsecciones I (Chroococcales) y II (Oscillatoriales) de la clasificación actual bacteriológica, fueron detectados a partir de la secuenciación parcial del gen 16S ARNr, con lo cual se complementan trabajos previos. En un periodo de siete años (de 2001 a 2008), la comunidad de cianobacterias del Charco 1 presentó una disminución tanto en macroestructuras como en sus índices de diversidad. Por otra parte, el Charco 2 presentó una mayor estabilidad en la comunidad de cianobacterias, y los grupos dominantes fueron detectados en ambos años de muestreo. La comprensión de la diversidad microbiana en un ambiente extremo con bajo ciclos de inundación – desecación por agua de mar, altas temperaturas y hábitats químicamente modificados con altas concentraciones de sulfuro y metales pesados, como las que se presentan en los manantiales hidrotermales intermareales de Bahía Concepción, es de gran utilidad para la búsqueda de nuevos microorganismos con uso potencial en biotecnología.The development of manganese nodules with biofilms dominated by cyanobacteria in intertidal hydrothermal springs in Bahia Concepcion, Mexico, is a rare event in nature. The cyanobacterial diversity associated with intertidal hydrothermal springs, in general, has not been well characterized. In this work, the composition of cyanobacterial community associated to microbial macrostructures, detected in intertidal hydrothermal springs at Santispac Beach in two years of sampling (2001 and 2008), was analyzed through a polyphasic approach. Seven morphotypes of cianobacteria were detected comparable to eleven previously reported in similar environments. Additionally, this is the first time that Cyanobacterium, Gloeothece and Lyngbya are reported for an intertidal hydrothermal springs under seawater influence. Five cyanobacterial phylogenetic groups, corresponding to subsections I (Chroococcales) and II (Oscillatoriales) in the current bacteriological classification, were identified from partial sequencing of 16S rRNA gene, which complement previous work. In a seven years period (from 2001 to 2008), the community of cyanobacteria from Pond 1 had a decrease in both macrostructures and in its diversity index. Moreover, Pond 2 showed greater stability in cyanobacterial community, and the dominant groups were detected in both years. The understanding of microbial diversity in an extreme environment with low cycles of inundation – desiccation by sea water, high temperatures and chemically modified habitats with high concentrations of sulfur and heavy metals, such as those detected in the intertidal hydrothermal springs of Bahia Concepcion, is useful for finding new microbes with potential use in biotechnology.