Pocillopora verrucosa es un coral hermatípico y hermafrodita simultáneo que habita las costas peninsulares del Golfo de California. Esta especie es formadora de parches arrecifales o verdaderos arrecifes, como en Cabo Pulmo en la región del Pacífico Oriental, lo cual lo hace importante ecológica- y comercialmente para la región. No existen estudios que detallen la dinámica poblacional de la especie en la región, la cual es importante para poder conocer cuantas poblaciones existen, cuales son las zonas de mayor diversidad genética/genotípica, de donde vienen los migrantes, y así poder en un futuro contribuir al manejo integral de estos recursos. Para lo anterior se determinó la estructura genética poblacional empleando 6 loci microsatélite analizando cinco localidades a lo largo del rango de distribución de la especie (Loreto, el Portugués, Isla Espíritu Santo, Canal de San Lorenzo y Cabo Pulmo). Se demostró, empleando los genotipos únicos (individuos de origen sexual), que regionalmente existe una sola población genética (metapoblación) con elevado flujo genético (FST= 0.0007; p=0.42), y que exceptuando Loreto en un locus (Pd3200), se encuentran en equilibrio de Hardy-Weinberg (EHW) . Así mismo, se observó estructura genética poblacional empleando los genotipo totales (todos los individuos) con un FST= 0.108 (p< 0.001), debido a la presencia de clonas (reproducción asexual) de manera diferencial en todas las localidades, con desviaciones del EHW debido a déficits y excesos de heterocigotos. Las subpoblaciones mantenidas por reproducción sexual o mayormente sexuales fueron Cabo Pulmo, el Portugués y Loreto promediando una diversidad genotípica (Go/Ge) del 55% y una equidad genotípica (Go/Ng) del 72%. En cambio las subpoblaciones del Canal de San Lorenzo y la Isla Espíritu Santo resultaron ser muy asexuales reproduciéndose por medio de la fragmentación, como parte de un programa de repoblamiento y también ocasionada por efecto de huracanes, respectivamente. La diversidad genotípica promedio de estas localidades fue muy baja (4.5%), con una equidad genotípica del 40%. La frecuencia de los huracanes por sitio mostró una correlación negativa significativa con la diversidad genotípica (Go/Ge; r2=0.95 p<0.01), la riqueza genotípica (Ng/N; r2=0.94 p<0.05) y la equidad genotípica (Go/Ng; r2=0.91 p<0.01) en las poblaciones del Golfo de California, explicando casi el 90% de la variación entre sitios muy clonales y sexuales [...]Pocillopora verrucosa is an hermatipic coral and simultaneous hermaphrodite which inhabits the Peninsular coast of the Gulf of California (GC). This specie is one of the dominant coral species of the Eastern Pacific region, forming reef patches or true coral reefs, like the Cabo Pulmo Reef, making them ecologically and economically important to the region. There are not previous studies that aboard in detailed the population dynamic of the specie in the GC, which is important in order to know how many populations exists , which are the populations with the highest genetic/genotypic diversity, the localities which function as source/sink populations, the origin of the migrants, etc., and finally contribute to the integral management of the specie,. To achieve these objectives, we determined the population structure using six microsatellite loci in five populations that covers the full specie range in the peninsula (Loreto, El Portugués, Isla Espíritu Santo, Canal de San Lorenzo y Cabo Pulmo). We found by using only sexual origin individuals (unique genotypes) the existence of one genetic population (Metapopulation) in the region with high genetic flow (FST= 0.0007; p=0.42) and Hardy-Weinberg equilibrium (HWE), and only Loreto with heterozygote deficit in one locus (Pd3200). In the other scenario, using all the individuals (including the clones) we found significant population structure (FST= 0.108; P< 0.001) and deviations to HWE, proving the important clone effect in the region. The sexual populations were Cabo Pulmo (CP), el Portugués (P) and Loreto (L), with a mean genotypic diversity (Go/Ge) of 55% and a genotypic evenness (Go/Ng) of 72%. On the other hand, the Canal de San Lorenzo (C) and the Isla Espíritu Santo (IS) were mostly asexual with reproduction by fragmentation-clonation, this was explained because they were part of a repopulation program and by cyclone effect respectively. The mean genotypic diversity for these localities was very low (4.5%), and also with a low genotypic evenness (40% ). The frequency of cyclones per site showed a negative significant correlation with the genotypic diversity (Go/Ge; r2=0.95 p<0.01), the genotypic richness (Ng/N; r2=0.94 p<0.05) and genotypic evenness (Go/Ng; r2=0.91 p<0.01) explaining ≈90% of the variation among clonal and sexual sites [...]