La almeja de sifón Panopea globosa es un bivalvo sésil, cuya distribución abarca el Golfo de California hasta Bahía Magdalena. Debido a su alta rentabilidad, su pesca inició el año 2002, aún sin tener un conocimiento amplio sobre su biología. Para establecer un plan de manejo adecuado para la especie, es necesario saber si estamos tratando con una sola población o bien con varias de ellas. Con el objetivo de conocer los niveles actuales de diversidad genética y determinar si existe estructura genética poblacional se realizó un análisis basado en microsatélites. Primeramente se identificaron marcadores microsatélite específicos para la especie, mediante la construcción de 5 librerías genómicas enriquecidas, de las cuales se diseñaron 36 pares de cebadores obteniéndose dos marcadores polimórficos útiles. Se analizaron organismo colectados en 3 localidades del Golfo de California [San Felipe (SF), Puerto Peñasco (PP), Guaymas (GU)] y una localidad de la costa occidental de la península de Baja California Sur [Bahía Magdalena (BM)] . Se estimó la variabilidad genética expresada en, número de alelos (nA), número de alelos efectivos (ne), heterocigosidad observada (Ho), heterocigosidad esperada (He), riqueza alélica (AR) y coeficiente de endogamia (FIS). Se realizaron pruebas de Equilibrio de Hardy-Weinberg (EHW) y desequilibrio de ligamiento. Para detectar estructura genética poblacional se calcularon los valores pareados de FST y 3 Análisis Moleculares de Varianza, (AMOVA) con las siguientes jerarquías: Golfo de California vs Pacífico; PP-SF vs BM-GU y PP-SF vs BM vs GU. Se encontraron niveles moderados de variabilidad genética (nA=13.37, ne= 7.48, AR= 11.31, Ho=0.71, He= 0.87, FIS= 0.26). No se observó desequilibrio por ligamiento. No se observó EHW en la mayoría de las localidades, debido a déficit de heterocigotos, causado por alelos nulos. Se observaron diferencias genéticas significativas entre BM y las dos localidades del Alto Golfo, SF y PP (FST= 0.018, FST= 0.036, respectivamente). Ninguna de las comparaciones entre los grupos formados para el AMOVA mostró algún valor significativo, sin embargo BM, tiene una tendencia a ser una localidad distinta del resto [...]The geoduck clam Panopea globosa is a sessile bivalve, whose distribution covers the Gulf of California to Bahia Magdalena. Due to its high profitability, fishery began in 2002, even without extensive knowledge about its biology. To establish an adequate management plan for the species, it is necessary to know whether we are dealing with a single population or several of them. With the goal of knowing the population genetic structure, specific microsatellite markers were identified, through the construction of 5 enriched genomic libraries. 36 pairs of primers were designed and only two yielded polymorphic markers. Samples from 3 location in the Gulf of California [San Felipe (SF), Puerto Peñasco (PP), Guaymas (GU)] and one from the Pacific [Bahia Magdalena (BM)] were analyzed. We estimated the genetic variability expressed in number of alleles (nA), number of effective alleles (ne), observed heterozygosity (Ho), expected heterozygosity (He), allelic richness (AR) and inbreeding coefficient (FIS). Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) and linkage disequilibrium were tested as well. To detect population genetic structure FST paired values were calculated and three Analysis Molecular of Variance, AMOVA (Gulf of California vs Pacific PP-SF vs BM-GU, PP-SF vs GU vs BM). We found moderate levels of genetic variability (nA = 13.37, ne = 7.48, AR = 11.31, Ho = 0.71, He = 0.87, FIS = 0.26). Linkage disequilibrium was not observed. Deviation to HWE was observed due to heterozygote deficiencies, caused by null alleles in most locations. Significant genetic differences were observed between BM and the two localities of the Upper Gulf, SF and PP (FST = 0.018, FST = 0.036, respectively). None of the comparisons between the groups formed for the AMOVA showed any significant F value, however BM has a tendency to be a different location from the rest [...]