Este estudio representa el primer análisis acerca de los patrones de diversidad y estructura genética en la iguana del desierto (Dipsosaurus dorsalis) en la península de Baja California (PBC), en el que se incorpora la utilización de nuevos marcadores moleculares como lo son los microsatélites y también se añade información independiente obtenida de la modelación de nicho ecológico. Se obtuvo que Dipsosaurus dorsalis muestra regiones con alta diversidad genética lo cual se considera una huella genética poblacional relacionada con una historia demográfica más antigua. Esta zona se presenta en la región del Cabo, al este de la sierra de la Laguna. Por su parte, los análisis de estructuración genética revelan la existencia de tres grupos genéticos geográficamente discretos: Norte, Centro y Sur, los cuales tienen una concordancia geográfica con los filogrupos reportados para especies como característicos de la biota de la PBC. Sin embargo, Dipsosaurus dorsalis es una especie de origen reciente que no estuvo presente durante los eventos vicariantes propuestos tradicionalmente para explicar las discontinuidades filogeográficas en la región. Mediante la modelación de nicho ecológico se identificaron tres grupos que presentaron una distribución potencial distinta entre sí, además de presentar una completa concordancia con los grupos genéticos identificados previamente. Asimismo las distribución potencial generada con la proyección al Último Máximo Glacial (hace aprox. 21 mil años) apoya la hipótesis de que Dipsosaurus dorsalis persistió en un refugio reducido al sur de la PBC durante esta época. A partir de los resultados obtenidos se sugiere que la heterogeneidad ambiental presente de manera clinal en la PBC dejó huellas genéticas similares a la obtenidas en otras especies con filogrupos similares, resaltando el hecho de que existen explicaciones alternativas al paradigma hegemónico de vicarianza que han predominado en los estudios filogeográficos de la región. La información obtenida en este estudio brinda la posibilidad de comprender procesos históricos poblacionales e identificar regiones de alta diversidad genética intra específica, lo cual es información relevante aplicable a estrategias de conservación necesarias para asegurar el potencial evolutivo de las especies en el futuro.This study represents the first analysis of the patterns of genetic diversity and the genetic structure of the desert iguana (Dipsosaurus dorsalis) in Baja California peninsula (PBC), in which the use of new molecular markers such as microsatellites is incorporated and also independent information obtained from ecological niche modeling. Dipsosaurus dorsalis shows a region with high genetic diversity which is considered a population genetic fingerprint associated with an older demographic history. This area occurs in the Cape region, east of the Sierra de la Laguna. On the other hand, the analysis of genetic structure revealed the existence of three genetic groups geographically discrete: North, Central and South, which are consistent with the geographic phylogroups reported for species of the PBC. However, Dipsosaurus dorsalis is a species of recent origin that was not present during the vicariant events traditionally proposed to explain the phylogeographic discontinuities in the region. Using ecological niche modeling (ENM) three groups were identified, each one shows a different potential distribution, and present a complete concordance with previously identified genetic groups. Likewise, the potential distribution generated with the projection to the Last Glacial Maximum (aprox. 21,000 years ago) supports the hypothesis that Dipsosaurus dorsalis persisted in a small refugia south of the PBC during this time. From the results obtained it is suggested that present clinal environmental heterogeneity in the PBC, resemble the genetic traces in other species with similar phylogroups, highlighting the fact that there are alternative explanations to the hegemonic paradigm of phylogeographic vicariance that have dominated studies of the region. The information obtained in this study provides the opportunity to understand historical processes and identify regions of high intraspecific genetic diversity, which is relevant information applicable to conservation strategies necessary to ensure the evolutionary potential of the species.