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Estudio sobre la diversidad genética del Herpesvirus de los Ostreidos-1 (Malacoherpesviridae)

dc.contributorRICARDO VAZQUEZ JUAREZ
dc.creatorAYIN QUETZALCOATL ALVARADO ARELLANO
dc.date2013-11-29
dc.identifierhttp://cibnor.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1001/151
dc.identifier.urihttp://dspace.cibnor.mx:8080/handle/123456789/2459
dc.descriptionEl objetivo de este trabajo fue contribuir al estudio sobre la diversidad genética del Herpesvirus de los Osteidos (OsHV-1), basado en la secuenciación parcial y comparación de tres regiones dentro de su genoma con alto grado de polimorfismo, identificadas en muestras de diferentes especies como la almeja mano de león (Nodipecten subnodosus) y ostión japones (Crassostrea gigas) ambas cultivadas en Baja California Sur (BCS), México. Paralelamente, se analizaron muestras de C. gigas, especies marinas alternativas (crustáceos y mejillones), así como muestras de sedimento y agua de mar, provenientes de cultivos intensivos localizados en Francia, las que se recolectaron antes, durante y después de episodios de mortalidad en 2011 y 2012. La detección del virus se llevo a cabo mediante la técnica de qPCR con los primers DPF/DPR, para cuantificar la carga viral presente en las muestras. Aquellas que presentaron suficiente cargar viral, fueron seleccionadas para realizar rondas independientes de PCR convencional, para amplificar tres regiones con diferentes pares de primers, C2/C6 (ORF4), Del 35,-36 (ORF 35,-36) e IA2/IA1 (ORF42-43). De estas regiones el ORF4 fue el que presentó un mayor nivel de polimorfismo, ya que en las muestras de BCS, México, solo se logró amplificar en una muestra de N. subnodosus y en cuatro muestras de C. gigas. Las secuencias obtenidas presentaron 97% y 100% de similitud con respecto a OsHV-1 La Cruz, Sonora (JF894308), respectivamente. Por otra parte, las muestras de C. gigas colectadas en Francia, en cuatro de 2011 y dos de 2012 no se logró obtener la amplificación esperada con los primers C2/C6, el resto de las muestras de estos grupos presentaron 100% de similitud con OsHV-1 μVar (HQ842610). En los ORFs 35,- 36,-37,-38 y ORF 42,-43, las muestras de BCS, México presentaron 99% de similitud con OsHV-1 μVar (HQ842610) y 100% de similitud con OsHV-1 REF (AY509253); mientras que en las muestras de Francia, estas dos regiones exhibieron 100% de identidad para OsHV-1μVar (HQ842610). Este trabajo describe por primera ocasión la detección de OsHV-1 en N. subnodosus, mediante histología, hibridación in situ, Microscopía Electrónica de Transmisión y qPCR, también se confirmó la presencia de DNA viral de OsHV-1 en especies marinas como Mytilus galloprovincialis, Sphaeroma sp y Balanus sp así como muestras de agua de mar.
dc.descriptionThe aim of this work was to contribute to the study of the genetic diversity of the Ostreid Herpesvirus -1 (OsHV-1) based on the partial sequencing of three polymorphic areas of its genome. Samples of Lion's paw scallop (Nodipecten subnodosus) and the Pacific cupped oyster (Crassostrea gigas) specimens cultivated in Baja California Sur (BCS) Mexico were analyzed and compared. Similarly C. gigas samples were collected in intensive farming areas located in France from 2011 to 2012. Before, during, and after the onset of mortality outbreaks alternative species such as Mytilus galloprovincialis, including C. gigas and enviromental samples (seawater and sediment) were screened. The initial analysis was performed by qPCR with the primers DPF/DPR to quantify the amount of viral DNA in each sample. Samples with sufficient viral loads were selected for independent rounds of conventional PCR amplification of three target areas with primer sets C2/C6 (ORF 4), Del 35,-36 (ORF 35,-36), and IA2/IA1 (ORF 42,-43). ORF4 was the genome area with the highest level of polymorphism. In the samples from BCS Mexico, only one sample of N. subnodosus and four samples of C. gigas could be amplified by regular PCR. The sequence of these products displayed 97% and 100% of similitude with the OsHV-1 strain La Cruz, Sonora (JF894308), respectively. Among the C. gigas samples collected in France, only 4 samples from 2011 and 2 samples from 2012 did not yield any amplification product with C2/C6. All the other samples in this group displayed 100% similitude with OsHV-1 μVar (HQ842610). As for ORFs 35,-36,-37,-38, and the ORF 42,-43 the samples from BCS, Mexico they displayed 99 % identity with OsHV-1 μVar (HQ842610) and 100% similitude to OsHV-1 REF (AY509253) whereas samples from France showed 100% similitude with OsHV-1μVar (HQ842610). This work constitutes the first report of OsHV-1 detection in N. subnodosus using a combination of histology, Transmission Electron Microscopy, in situ hybridization, and qPCR techniques. It also confirms the presence of DNA from OsHV-1 in alternative marine species such as Mytilus galloprovincialis, Sphaeroma sp, and Balanus sp., as well as in sea water samples.
dc.formatapplication/pdf
dc.languagespa
dc.publisherCentro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C.
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rightshttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0
dc.subjectinfo:eu-repo/classification/AUTOR/OsHV-.1; moluscos bivalvos; variación genética
dc.subjectinfo:eu-repo/classification/cti/2
dc.subjectinfo:eu-repo/classification/cti/24
dc.subjectinfo:eu-repo/classification/cti/2401
dc.subjectinfo:eu-repo/classification/cti/310911
dc.subjectinfo:eu-repo/classification/cti/310911
dc.titleEstudio sobre la diversidad genética del Herpesvirus de los Ostreidos-1 (Malacoherpesviridae)
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/masterThesis


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