En la península de Baja California, los organismos del género Haliotis o comúnmente llamados abulones, representan una de las pesquerías más importantes y antiguas de la región por las ganancias que genera; dentro de las especies que se explotan en la península, se encuentra Haliotis fulgens y H. corrugata. Al igual que otras pesquerías, esta actividad ha presentado etapas que han puesto en riesgo su permanencia, principalmente mortalidades masivas ocasionadas por diversos factores, entre ellos patógenos como Xenohaliotis californiensis (agente causal del Síndrome de deshidratación en abulones (SDA)). Sin embargo las células eucariotas tienen diversos mecanismos para contrarrestar los ataques de agentes invasores, como la degradación de estos por fagocitosis en los lisosomas mediado por enzimas principalmente de tipo catepsinas, aunque estas a su vez están reguladas por inhibidores que previenen la autolisis como las cistatinas. El presente trabajo tuvo como objetivo el análisis transcripcional de catepsina B y cistatina B en H. fulgens y H. corrugata. Se colectaron muestras de hemolinfa de ambas especies de organismos “sanos” y de organismos con sintomatologías por SDA, se realizaron extracciones de RNA y síntesis de ADNc de cada una de las muestras, una vez obtenido ADNc de calidad, se realizó PCR punto final para los genes catepsina B (catB), cistatina B (cystB), Succinato deshidrogenasa (sdh), proteína ribosomal L5 (rpl5), factor de elongación 1α (fe1α), proteínas de shock térmico 70 y 90 (hsp70 y hsp90), los amplicones se enviaron a secuenciar y las secuencias obtenidas se analizaron en Blastn, posteriormente se realizó PCR en tiempo real. Se identificaron por secuenciación, para ambas especies, cinco de los siete genes a analizar. Para la especie H. fulgens la expresión del gen cistB fue mayor que expresión la expresión del gen catB tanto en organismos sanos como en organismos con SDA presentando diferencias significativas. Para la especie H. corrugata, la expresión del gen catB fue mayor que la expresión del gen cistB en las dos condiciones aunque sin diferencias significativas. El gen de catepsina B podría tener otras funciones además de participar en la fagocitosis y para medir la actividad de los transcritos el gen de cistatina B juega un papel crucial.In Baja California, organisms of the genus Haliotis, commonly termed abalone, are one of the oldest and most important fisheries in the region by revenues generated; within the exploited species in the peninsula, Haliotis fulgens and H. corrugate are among the most important. Like other fisheries, this activity is highly exposed to the risks of adverse events, mainly mass mortalities caused by various factors, including pathogens like Xenohaliotis californiensis (causal agent of the dehydration syndrome in abalone (DSA)). However, eukaryotic cells have evolved numerous complex and efficient defense mechanisms against harmful agents, such as degradation by lysosomal hydrolytic enzymes, mainly by cathepsin types, which are in turn regulated by inhibitors, as cystatins, that prevent autolysis. This study aimed at analyzing the global expression of the genes encoding both cathepsin B and cystatin B in H. fulgens and H. corrugata. Hemolymph samples of both species of "healthy" organisms and organisms exhibiting DSA clinical signs were collected, RNA was isolated and cDNA from each sample was synthesized. Conventiona end-point PCR was carried out to amplify the genes encoding for cathepsin B (catB), cystatin B (cystB), succinate dehydrogenase (sdh), ribosomal protein L5 (rpl5), elongation factor 1α (fe1α), and the heat shock proteins 70 and 90 (hsp70 and hsp90). Samples were sequenced and the resulting sequences were analyzed by BLAST. Subsequently, a real-time PCR assay was performed to evaluate the expression levels of catB and cystB genes in both species. In H. fulgens the expression of cistB was significantly higher than that of catB in healthy organisms when compared with organisms with DSA, while in H. corrugata, catB gene expression was higher than the expression of the gene cistB in two conditions but without significant differences. It is proposed here that Cathepsin B may have additional functions to participating in phagocytosis, and to measure the activity of the gene transcripts of cystatin B plays a crucial role.