Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP) es un patógeno intracelular causante de la enfermedad de Jonhe o paratuberculosis en la mayoría de especies rumiantes domésticas y salvajes. Hasta el momento, no se tiene una vacuna que pueda proteger, prevenir o proporcionar protección completa contra esta infección. Sin embargo, se sabe que la respuesta celular inducida es la más adecuada contra MAP. En este escenario, las herramientas inmuno-informáticas nos permiten identificar proteínas como candidatos vacunales que se pueden expresar en la microalga Chlamydomonas reinhardtii, que es inocua para los animales, aprovechando la inserción plastidial como estrategia de expresión. En este estudio se analizaron 100 proteínas de superficie de MAP usando herramientas inmuno-informáticas. En base a los resultados de predicción inmunogénica, se seleccionaron los genes que codifican para las proteínas MAP0164, MAP0189 y MAP2100. Luego, los genes MAP2100 y MAP0189 se clonaron en el vector p320 para la modificación genética del cloroplasto de C. reinhardtii. En paralelo, se realizó la transformación genética de E. coli con las construcciones generadas, sabiendo que es posible producir proteínas recombinantes en este sistema de expresión. Se obtuvieron 23 colonias de C. reinhardtii que presentaron resistencia a selección por Kanamicina usando la construcción 2100-p320 y tres de ellas fueron analizadas y confirmadas como transformantes positivas por PCR. Por otro lado, se obtuvieron 3 colonias de C. reinhardtii que presentaron resistencia a Espectinomicina cuando se usaron las construcciones 0189-p320, pero ninguna de ellas se confirmó como positiva. Finalmente, la producción de las proteínas recombinantes MAP0189 y MAP2100 se pudo detectar mediante Western blots cuando se usó el sistema de E. coli, pero no así en el cloroplasto de C. reinhardtii.Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP) is an intracellular pathogen causative of Jonhe disease or paratuberculosis in most domestic or wild rumiant species. So far, there is no vaccine that can protect, prevent or provide complete protection against this infection, however it is known that the cellular response is the best suited to fight these pathogens. In this scenario, the immune tools allow us to identify proteins as vaccine candidates that can be expressed in the microalgae Chlamydomonas reinhardtii, which is harmless to animals, taking advantage of the plastid insertion and expression strategy. In this study 100 MAP surface proteins using immuno-computer tools were tested. Based on the results of immunogenic prediction, the genes that code for the proteins MAP0164, MAP0189 and MAP2100 were selected. The genes MAP2100 and MAP0189 were cloned into the vector p320 for genetic modification of C. reinhardtii chloroplast. In parallel, the genetic transformation of E. coli was performed with constructs generated, knowing that recombinant proteins can be produced in this expression system. 23 colonies were resistant to kanamycin by using the construction 2100-p320, three of them were analyzed by PCR resulting positive. Furthermore, 3 colonies of C. reinhardtii that were resistant to spectinomycin when 0189-p320 constructs were used, but none of them was confirmed as positive. Finally, the production of the recombinant proteins MAP0189 and MAP2100 could be detected by Western blot when expressed in E. coli, but not in the chloroplast of C. reinhardtii.