"Los atributos fisiográficos y la historia geológica que tiene la península de Baja California han afectado la distribución de la flora y fauna presente a lo largo del tiempo. La Península posee un gran número de especies de vertebrados endémicos. Se estima que el grupo de mamíferos tiene aproximadamente un 24 % de formas endémicas al nivel de especie y 67 % a nivel subespecie. Entre los mamíferos presentes en la península, las tuzas de la especie Thomomys bottae (Eydoux y Gervais 1936) tienen la capacidad de adaptarse a una amplia gama de condiciones, como consecuencia, las poblaciones presentan un alto nivel de variación genética y morfológica (plasticidad fenotípica). Debido a esta última característica se ha identificado 27 subespecies para la península. Las tuzas por ser organismos fosoriales, presentan una elevada relación al sustrato, para la construcción de sus madrigueras, así mismo son organismos con una baja tasa de dispersión, y con base en la coalescencia se ha determinado su presencia en la península es muy reciente. Lo cual hace a esta especie un modelo adecuado para estudiar la variación genética y morfológica, con el objetivo de dirigir el conocimiento hacia aspectos filogenéticos, biogeográficos y taxonómicos, que nos permitan conocer la biodiversidad en la península. El objetivo de este trabajo es integrar la información obtenida de los análisis de la variación morfológica y genética de las poblaciones de Thomomys bottae distribuidas en la península de Baja California para poder inferir las relaciones filogenéticas, distribución de sus linajes y la estructura poblacional de la especie, así como corroborar la validez taxonómica de las diferentes subespecies. Para lograr este objetivo el trabajo está dividido en dos partes, la primera se relaciona con seis subespecies (T. b. anitae, T. b. alticolus, T. b. magdalene, T. b. russeolus, T. b. imitabilis, T. b. incomptus, y T. b. litoris), distribuidas en la parte sur de la península, principalmente en las tierras bajas, de las que se analizó la variación morfológica y genética de ejemplares colectados en 42 localidades ubicadas desde Guerrero Negro hasta la región del Cabo en el estado de Baja California Sur...""The physiographic attributes and geologic history of the peninsula of Baja California have affected the distribution of its flora and fauna throughout time. The Peninsula has a high number of endemic species of vertebrates. Among the mammals 24 % of species and approximately 67 % of subspecies are endemic. Pocket gophers, Thomomys bottae (Eydoux and Gervais 1936), have the capacity to adapt to a wide range of conditions, and their populations contain a high level of genetic and morphological variation (phenotypic plasticity). There are 27 recognized subspecies for the peninsula. “Tuzas” (pocket gophers) construct underground burrows and therefore have a strong relationship with their substrate, also have low dispersal rates, and estimates of the coalescence times of Baja Thomomys populations are very recent. This species is a suitable model to study genetic and morphological variation, and analyzing aspects of its phylogenetics, biogeography and taxonomy, allows us to better understand the biodiversity in the peninsula. The principal aim is to perform an integrative analysis of morphological and genetic variation of Thomomys bottae populations from the peninsula of Baja California. In this study I infer the phylogenetic relationships, lineages distributions, and population genetic structure of T. bottae, and test the taxonomic validity of the different subspecies. In order to achieve this objective. I separated my work in two primary parts. The first part deals with analyzing the morphological and genetic variation of six subspecies (T. b. anitae, T. b. alticolus, T. b. magdalene, T. b. russeolus, T. b. imitabilis, T. b. incomptus, and T. b. litoris), that are primarily lowland forms distributed in the southern portion of the peninsula. I collected tuzas from 42 localities located from Guerrero Negro to the Cape Region in the state of Baja California Sur..."