Como resultado de este trabajo se ha generado una herramienta cuantitativa segura, confiable, precisa, que permitirá a todas aquellas dependencias o entidades involucradas en el monitoreo de cuerpos de agua, tanto marinos, como lacustres, fluviales, estuarinos y embalses artificiales, determinar el grado de sustentabilidad de sus condiciones ecológicas de una manera inmediata y, sobre todo, comparativa en grado superlativo. La metodología desarrollada homogenizaría, a nivel nacional, todos los resultados de los muestreos sistemáticos en cuerpos de agua y, sobre todo, haría entendible a los tomadores de decisión el estado ecológico en el cual se encuentran y les indicaría las medidas a aplicar para corregir los problemas que se tienen en cada uno de ellos. Esto es estratégico y relevante. La herramienta ecológica desarrollada durante esta investigación, en caso de ser adecuadamente difundida, podría ser muy útil para futuros estudios ecológicos y ecotoxicológicos en ecosistemas acuáticos no sólo en México, sino también alrededor del mundo. El objetivo general de la presente investigación es aportar al ámbito de la ecología una metodología, de evaluación numérica, de la sustentabilidad ecológica de los ecosistemas acuáticos, en función de los valores de importancia relativa de aquellos atributos que permiten el mantenimiento de su salud ambiental. Se busca con esta aportación preservar los ecosistemas acuáticos para un uso actual y futuro y garantizar la salud pública de los núcleos humanos ubicados en sus inmediaciones y su prevalescencia espacio-temporal. Tales atributos incluyen variables y parámetros físicos, químicos, biológicos, de contaminación y de la dinámica de los ecosistemas, en los compartimentos columna de agua y sedimentos [...]As a result of this thesis it was generated a secure, reliable and precise quantitative tool, which will let to all public and private organizations related to water bodies monitoring, including marine, lacustrian, fluvial, pluvial, estuarine and artificial ones, to determine the sustainability degree of their ecological conditions in an immediate and comparative way. This will homogenize at the national level, all of the water bodies systematic sampling results and will become understandable to the making decisioners their actual status and the actions to apply to correct the troubles of each of them. This is strategic and relevant. The ecological tool developed during this research will be extremely useful for any future ecological and ecotoxicological future study in any aquatic ecosystem around the world. The principal aim of this research was to develop a numerical method to evaluate the ecological sustainability of aquatic ecosystems, as a quantitative tool to preserve environmental health, present and future use of ecosystems, and to warrant the public health of the human inhabitants. Such quantitative tool includes physical, chemical, biological, pollution data and the knowledge of the aquatic ecosystems dynamics, both in water column and sediments [...]