En este trabajo se estudian las concentraciones de metales y compuestos orgánicos en sedimentos superficiales colectados a lo largo de veinte años en las Bahías de Salina Cruz, así como la toxicidad y efecto en las comunidades del bentos. Se presentan los patrones espaciales y tendencias temporales, estableciendo los contaminantes críticos y su relación con las características de la comunidad de moluscos. Las muestras se analizan para Cr, Cu, Fe, Pb, Ni, V, y Zn en sedimentos, e hidrocarburos aromáticos totales HAT y material orgánico extraíble MOE en la columna de agua y en los sedimentos, además de las características de la comunidad de moluscos (riqueza, abundancia y diversidad). La normalización de los metales con referencia al hierro y las fracciones finas del sedimento indican factores de enriquecimiento relativamente altos para el Pb a lo largo de las últimas dos décadas, y de acuerdo a las guías de calidad de sedimentos, debe considerarse como un elemento de interés potencial en el ecosistema marino. Los índices de geoacumulación y los factores de enriquecimiento de los elementos restantes muestran valores comparables a aquellos observados en sitios con actividades similares a nivel mundial. La distribución espacial sugiere que adicionalmente a las actividades portuarias existe una fuente adicional de plomo que explica las tendencias observadas. La secuencia de enriquecimiento de los metales en relación a las fracciones finas del sedimento es la siguiente: Pb>Zn>Fe>Cu>Cr>V>Ni, mientras que su posibilidad tóxica es: Pb>Ni>Cu>Zn. Los compuestos orgánicos se acumulan en los sedimentos en las zonas someras asociados principalmente con la presencia de MOE y las fracciones finas [...]In this work, metals and organic compounds concentrations as well as their toxicity and effect in benthos communities from surface sediment samples collected in Salina Cruz Bay, Mexico in the last twenty years, are studied. Spatial patterns and temporal trends are presented, obtaining the Contaminants of Potential Concern COPC, and establishing their relation with mollusc community characteristics. Sediment samples were analyzed for the total available elements (Cr, Cu, Fe, Pb, Ni, V, and Zn). Concentrations of total aromatic hydrocarbons TAH and extractable organic matter EOM in the water column and sediment were quantified. Benthic molluscs community characteristics (richness, abundance and diversity) are analyzed. Normalization of metals to iron and fine-grained fraction (<63 µm) indicated relatively high enrichment factors for lead during the last two decades. Sediment Quality Guidelines suggest that lead must be considered as a chemical of potential concern in the marine ecosystem. Spatial distribution suggests that in addition to harbor activities, a transboundary source for Pb must account for the observed trends. Metals enrichment sequence in relation with sediment fine fractions is as follows: Pb>Zn>Fe>Cu>Cr>V>Ni, while their toxic possibility is: Pb>Ni>Cu>Zn. Organic compounds, in sediments accumulate in shallow areas mostly associated with extractable organic matter and fine fractions [...]