La Laguna de Cuyutlán es el más importante cuerpo costero en el estado de Colima, México, por su extensión de 7,200 ha, por su extracción de sal milenaria y actividad pesquera integrada por una diversidad de peces y crustáceos que mantiene a más de 600 familias. El presente trabajo describe el efecto que generó la apertura de un canal artificial de comunicación con el océano, tanto en la abundancia del necton como en los valores de algunos parámetros ambientales como la temperatura del agua y ambiental, pH y salinidad. Para obtener las muestras de peces y crustáceos, se utilizó una red agallera en 14 sitios de recolecta. El periodo de estudio comprende de enero 1999 a diciembre 2007 con una periodicidad mensual. Para cada sitio se identificó y cuantificó el número de organismos. Se estimó el índice de riqueza específica (d), equitatividad (e) e índice de diversidad de Shannon-Weaver (H’) y se describió la tendencia, se realizó un análisis de varianza bajo el diseño de bloques completos aleatorizados. Se estimó el Índice de valor biológico (IVB). Se analizó la tendencia de los parámetros ambientales. Se hizo un análisis de varianza para determinar qué parámetro ambiental tiene mayor influencia en la abundancia. Se colectaron 13,334 organismos. Se identificaron un total de 62 especies y 32 familias durante los 105 muestreos, se estructuró el arreglo sistemático y se elaboró la ficha de cada una de las especies colectadas. Las especies de mayor abundancia fueron la lebrancha (Mugil curema), la malacapa (Diapterus peruvians), la rayada (Gerres cinereus) y el jurel (Caranx caninus) que representaron 77.93 %. El sitio de mayor colecta fue el Núm. 12 el menor el 14. En 2001 y 2003 se colectaron el mayor número de organismos, en 2005 el menor. Se identificaron mayores abundancias durante época de lluvias y con el canal abierto así como mayor número de especies. Los índices de riqueza, equitatividad y diversidad durante los años 1999, 2000, 2005 y 2007 fueron significativamente diferentes a 2001, 2002, 2003 y 2004 cuando el canal permaneció abierto. Se rechazó la hipótesis nula de no diferencia y se aplicó un análisis de mínimas diferencias significativas para identificar los tratamientos que provocaron el rechazo de la hipótesis. La estructura del ensamblaje de las especies del necton colectadas, se agruparon en 5 categorías.Cuyutlán Lagoon is the most important coastal body in the state of Colima, Mexico, for its extension of 7.200 ha, for its millenarian salt extraction and its fishing activity integrated by a diversity of species of fish and crustaceans that maintain more than 600 families. This paperwork describes the effect generated by the opening of an artificial channel to the ocean, in the abundance of nekton as changes in the parameters of water and environmental temperature, pH and salinity, to samples fish and crustaceans, a gillnet of 2 ¼ " of mesh size with a length of 120 meters and one meter fall was used. During the study from January 1999 to December 2007, 13,334 organisms were collected in a monthly basis. A total of 62 species and 32 families were identified during 105 samplinges. The most abundant species were white mullet (Mugil curema), Peruvian mojarra (Diapterus peruvians), yellowfin mojarra (Gerres cinereus) and Pacific crevalle jack (Caranx caninus) accounted for 77.93%. During 2001 and 2003 the largest number of organisms were collected, and in 2005 the lowest. The highest collection site was No. 12 and the lower at No. 14; the richness, evenness and diversity indexes showed interannual fluctuations. The years 1999, 2000, 2005 and 2007 were significantly different from 2001, 2002, 2003 and 2004, when the channel remained open. The highest abundance was identified during the rainy season and the channel open as well as a higher number of species. The assemblage structure nekton species based on the biological value index estimation were grouped into 5 categories.