Con base en mapas de colecta y mapas de distribución geográfica potencial (modelos de nicho ecológico), se evaluó la efectividad del sistema de áreas protegidas de la península de Baja California, en relación a la conservación de especies de vertebrados endémicos. Se utilizó una base de datos con 9,934 registros únicos de 1,036 sitios de colecta. Se identificaron 48 especies endémicas a la península de Baja California, de las cuales 24 fueron microendémicas, 12 mesoendémicas y 12 macroendémicas. Del total, 42 especies (88%) fueron registradas al interior de las áreas protegidas, mientras que seis especies (microendérnicas) no fueron registradas al interior de éstas, siendo consideradas especies gap. Los valores de complementariedad (ICC=0.42) mostraron una baja diversidad entre los vertebrados endémicos del Área de Protección de Flora y Fauna Valle de los Cirios y la Reserva de la Biosfera El Vizcaíno, mientras que la complementariedad fue mayor (ICC=0.82) entre Valle de los Cirios y Reserva de la Biosfera Sierra La Laguna. La única AP que no registró especies endémicas al interior de sus límites fue El Parque Nacional Constitución de 18S7, ubicada en el norte de la península. Aproximadamente 56% de los vertebrados endémicos terrestres incluidos en la NOM-059. Se obtuvieron los modelos de distribución geográfica potencial para la península de Baja California de 45 especies de vertebrados endémicos terrestres. Con base en la concentración del endemismo y especies endémicas con necesidad de protección adicional, se identificaron seis áreas prioritarias para conservación: dos en el norte, dos en la parte media-sur y dos en el extremo sur (Región del Cabo), dichas áreas podrían complementar él sistema de áreas protegidas terrestres de la península de Baja California. Los resultados proveen un diagnóstico robusto sobre la efectividad de las áreas protegidas en la conservación de vertebrados endémicos terrestres, que pueden ser utilizados en trabajos futuros, para incrementar la protección de elementos de biodiversidad regional.With collected map and geographic distribution models, evaluated the effectiveness of the protected areas system of Baja California Peninsula. A collection database consisting of 9,934 unique specimens from 1,036 sites was build, found it 48 endemics species to the peninsula; 24 microendemics, 12 mesoendemics and 12 macroendemics. Our findings show that 42 endemic species (88% of the total endemics) are found within the boundaries of the protected areas, and six microendemics are gap species (unrepresented). Complementarity values (ICC = 0.42) show a low level of diversity between the endemic vertebrate faunas of the adjacent areas Flora and Fauna Protected Area Valle los Cirios and Biosphere Reserve El Vizcaino. A much higher complementarity (ICC = 0.82) was found between Flora and Fauna Protected Area Valle los Cirios and Biosphere Reserve Sierra La Laguna. The National Park Constitucion de 1857 located in the north part of peninsula was the only protected area has no terrestrial endemic vertebrates within its boundaries. A high percent of the peninsular endemic vertebrates (58%) are included in the Mexican list of species at risk NOM-059. We identified six areas of high concentration of terrestrial-endemic vertebrate species in the Baja California Peninsula: two in the north, two more in the middle south, and two in the Cape Region in the southern tip of the Peninsula. Our results provide a robust diagnosis of the effectiveness of the protected areas for the conservation of endemic vertebrates that can be useful for further studies and for improving the protection of these regional biodiversity elements.