Los arrecifes coralinos son considerados como uno de los ecosistemas más productivos y más diversos del medio marino. Los corales del género Pocillopora son uno de los formadores de arrecifes más importantes del Pacífico Oriental y se caracterizan por presentar una alta variación en la morfología esquelética. La heterogeneidad ambiental a la que están expuestos puede favorecer la diferenciación genética y morfológica a lo largo de los gradientes ambientales. Esta variación ha generado confusión y debate sobre la validez taxonómica de las especies definidas con la morfología (i.e. morfoespecies). El objetivo del trabajo fue comparar la variación genética y morfológica de los miembros del género Pocillopora a lo largo del Pacífico Oriental. En el análisis molecular se incluyó dos regiones mitocondriales (ORF y CR) y por primera vez cuatro genes nucleares (ATP–β, HSP70, β–Tubulina y MBSα–CA) fueron utilizados para analizar la variación de los corales Pocillopora en el Pacífico Oriental. El análisis morfológico fue realizado mediante mediciones de caracteres en ejemplares recolectados y con el seguimiento in situ de la plasticidad morfológica. El estudio incluyó muestras de las localidades del Golfo de California y del Pacífico Mexicano, Costa Rica e islas oceánicas como Isla Socorro (Archipiélago de Revillagigedo), Clipperton e Isla de Pascua. Como previamente fue reportado en la literatura para el Pacífico Oriental, se confirmó la presencia de tres linajes genéticos (Tipo 1, 2 y 3), además de un nuevo linaje exclusivo de la Isla de Pascua (Tipo nov.). Se reporta una extensión de la distribución del linaje genético Tipo 3 de aproximadamente 2000 km hacia el norte, encontrándose en Oaxaca y Costa Rica. No se encontró correspondencia entre el linaje genético y las características morfológicas de las morfoespecies. Sin embargo, se observó una mayor frecuencia de morfoespecies dentro de cada linaje. La reconstrucción filogénica de los cuatro genes nucleares concatenados evidenció cuatro grupos genéticos no reportados previamente en la literatura. El grupo 1 estuvo compuesto por las morfoespecies P. damicornis, P. verrucosa y morfotipos intermedios con una reducción de las verrugas. El grupo 2 fue el más heterogéneo e incluyó a una mayor cantidad de morfoespecies (P. capitata, P. damicornis, P. verrucosa, P. meandrina, P. eydouxi) y se caracterizó por presentar verrugas en las ramificaciones.Coral reefs are considered one of the most productive and most diverse marine ecosystems. Corals of the genus Pocillopora are one of the main reef-builders in the eastern Pacific and are distinguished by show high levels of variation in its skeletal morphology. Environmental heterogeneity in which corals are exposed can promote genetic and morphological differences along environmental gradients. This variation has led to confusion and debate about the taxonomic validity of morphologically defined species (i.e. morphospecies). The objective was to compare the genetic and morphological variation of the members of the genus Pocillopora along the eastern Pacific. The molecular analysis included two mitochondrial regions (ORF and CR) and by first time four nuclear genes (ATP-β, HSP70, β-tubulin and MBSα-CA) were used in the analysis of Pocillopora corals in the eastern Pacific. The morphological analysis was realized by measuring traits of collected specimens and in situ following of morphological plasticity. The study included samples from locations of the Gulf of California and Mexican Pacific, Costa Rica and oceanic islands such as Isla Socorro (Revillagigedo Island), Clipperton and Easter Island. The presence of three genetic lineages (Type 1, 2 and 3) previously reported in the Eastern Pacific was confirmed, and a new exclusive lineage was found in Easter Island (Type nov.). Lineage Type 3 was found in Costa Rica and Oaxaca, representing an extension range of approximately 2000 km northward. No congruence between genetic lineage and morphospecies was found in this study. However, a higher frequency of morphospecies within each lineage was found. The phylogenetic analysis of concatenated nuclear genes showed four genetic clusters, no reported previously. Cluster 1 consisted in intermediate morphotypes of P. damicornis and P. verrucosa with remarkable reduction of verrucae. Cluster 2 was the one that had the highest number of morphospecies (P. capitata, P. damicornis, P. verrucosa, P. meandrina, and P. eydouxi) and was characterized by verrucae in their branches.