La prevalencia del protozoario Perkinsus marinus fue evaluada en branquias del ostión de placer Crassostrea cortezienisis de dos esteros de Nayarit, México. El protozoario fue identificado mediante la amplificación por PCR de la región de espaciadores inter transcritos (ITS) del ADNr de Perkinsus spp. El patógeno fue encontrado en 92% de los ostiones de Boca de Camichín y 77% de los ostiones de Pozo Chino. Las secuencias ITS presentaron del 96–100% de similitud con P. marinus. La secuencia ITS mas frecuente (JQ266236) presentó 100% de identidad con el locus ITS de P. marinus de Nueva Jersey, Maryland, Carolina del Sur y Texas, y la segunda secuencia mas frecuente (JQ266240) mostró 100% de identidad con el ITS de P. marinus de Nueva Jersey, Carolina del Sur, Louisiana y Bahía Kino, Sonora, México. Las 14 secuencias de la región de espaciadores no transcritos (NTS) presentaron 98% de similitud con P. marinus de Texas. El polimorfismo mas frecuente se identificó en la posición nucleotídica 446 de la región ITS, sin embargo, el NTS fue la región mas polimórfica, sugiriendo que esta región es adecuada para identificación de genotipos, y la región mas conservada que fue el ITS es mejor para diagnóstico específico. Las secuencias ITS y NTS de P. marinus obtenidas de C. corteziensis fueron agrupadas en dos clados, identificando dos variantes alélicas de P. marinus. Mediante la amplificación por PCR de la región ITS de P. marinus, se identificó el protozoario en ostiones C. cortezienisis de Baja California Sur, México (KJ458987) que presentó 100% de identidad con P. marinus de Nayarit, México (JQ266240). La prevalencia en ostiones de BCS fue de 100% con intensidades 1–2, que fue mayor a ostiones de Nayarit (83.34%) con intensidades de 0–5. La intensidad de P. marinus en C. corteziensis aumentó de 1–2 a 2–5 con el incremento de la temperatura en condiciones experimentales. P. marinus causó 43.6% de mortalidad en ostiones inyectados con P. marinus, demostrando que C. corteziensis es susceptible a alta a altas dosis de P. marinus [...]Prevalence of the protozoan Perkinsus marinus in the gills of the pleasure oyster Crassostrea corteziensis from two estuaries in Nayarit, Mexico, was measured. The protozoan was identified by PCR amplification of the internal transcribed spacer (ITS) region of the rDNA of Perkinsus spp. The pathogen was found in 92% of oysters from Boca de Camichín and 77% of oysters from Pozo Chino. ITS sequences characterized from C. corteziensis showed 96–100% similarity to P. marinus. The most frequent ITS sequence, (GenBank JQ266236) had 100% identity with the ITS locus of P. marinus from New Jersey, Maryland, South Carolina, and Texas, and the second most frequent observed sequence (GenBank JQ266240) was 100% identical to ITS sequences of P. marinus from New Jersey, South Carolina, Louisiana, and Bahía Kino, Sonora, Mexico. The 14 sequences from the non-transcribed spacer (NTS) showed 98% similarity to P. marinus from Texas. The most frequent polymorphism identified was at nucleotide 446 of the ITS region, however, the NTS showed the highest nucleotide diversity, thereby suggesting that this region is suitable for genotype identification. Moreover, the most conserved ITS marker is better for species-specific diagnosis. Both the ITS and NTS sequences of P. marinus obtained from C. corteziensis were grouped in two clades, identifying two allelic variants of P. marinus. P. marinus was identified in C. cortezienisis from BCS, Mexico culture (KJ458987). The Perkinsus ITS region amplified by PCR was 100% identity to P. marinus from Nayarit, Mexico (JQ266240). Prevalence in BCS oysters was 100% with P. marinus intensity 1–2, which was higher than Nayarit oysters (83.34%) with intensities 0–5. P. marinus intensity was increased from 1–2 to 2–5 when temperature was experimentally increased. The protozoan caused mortalities in 43% oysters injected with P. marinus, demonstrating the C. cortezienisis susceptibility to high P. marinus doses [...]