"El término biodiversidad implica varias escalas biológicas cuya evaluación es complicada. Esta diversidad es aprovechada a través de la pesca, que genera alteraciones a los ecosistemas y probablemente evolución inducida por la selectividad. Dada la importancia del Golfo de California y que el conocimiento de la variabilidad genética de las especies que lo habitan es incipiente, se propone evaluar su diversidad y las probables afecciones de la pesca, presentando como caso estudio el chupalodo Porichthys analis, que es una especie de la fauna de acompañamiento en la pesquería del camarón (FAC). Para ello, se tomaron muestras de la FAC de cruceros de investigación y de pesca comercial (2004-2005). Se realizó la identificación de las especies, se colectaron muestras de tejido muscular y se preservaron en alcohol (70%) hasta la extracción de ADN total, que se usó como templado en reacciones de amplificación mediante PCR. Se amplificaron regiones específicas del ADNmt: 16S, 467 pb; 12-16S, 2.400 pb. Los amplicones menores a 500 pb se secuenciaron y compararon con las bases de datos disponibles (Blast), mientras que los mayores fueron analizados mediante RFLP, probando 11 endonucleasas. Se consideraron dos localidades: Lobos sujeta a pesca (n = 10) y El Colorado, libre de pesca (n = 17). Las estimaciones de diversidad derivadas de RFLPs (haplotípica: Lobos, 0.95; Colorado, 0.96; genotípica: Lobos 0.95, El Colorado 0.97), son ligeramente distintas de las obtenidas por secuenciación (haplotípica: Lobos 0.5, El colorado 0.9; nucleotídica: Lobos 0.5, El Colorado 10.4). No obstante, el análisis AMOVA y de índice de fijación (Fst = 0.50, P>0.05) no son significativos, ni tampoco prueba exacta de diferenciación poblacional (P = 0.01). La especie no presentó una distinción genética entre las poblaciones."