"Se presentan los flujos de nutrientes y metabolismo neto en la laguna costera Lobos, una laguna semi-árida subtropical del Golfo de California, México. En verano e invierno se realizaron muestreos de parámetros físico-químicos y nutrientes en agua en la laguna, mar adyacente y dren aportador de aguas residuales agrícolas. Los flujos de nutrientes y el metabolismo neto del ecosistema fueron estimados con el modelo biogeoquímico LOICZ. El tiempo de renovación del agua fue de 5 días en verano y de 12 días en invierno. La laguna fue sumidero de nitrógeno en verano (ΔNID = - 5645 mol día-1) y en invierno (ΔNID = - 136,575 mol día-1 ), fuente de fósforo en verano (ΔFID = + 360 mol día-1) y sumidero en invierno (ΔFID = – 15,809 mol día-1). En verano, el metabolismo neto del ecosistema (MNE) fue heterótrofo (- 0.38 mmol m-2 d-1) y dominó el proceso de desnitrificación ( - 0.1 mmol m-2 d-1); en invierno, el MNE fue autótrofo (+ 16.49 mmol m-2 d-1) y dominó la fijación de nitrógeno ( + 1.1 mmol m-2 d-1). Estos resultados sugieren la hipótesis de que las lagunas costeras semi-áridas subtropicales de la costa este del Golfo de California tienen cambios estacionales, funcionando con procesos dominantes de desnitrificación y metabolismo neto heterótrofo durante verano y con procesos dominantes de fijación de nitrógeno y metabolismo neto autótrofo en invierno.""Fluxes of nutrients and net metabolism were estimated in coastal lagoon Lobos, a semi-arid subtropical lagoon from Gulf of California, Mexico. Sampling runs were carried out during summer and winter, seawater samples for nutrients were collected in coastal lagoon, offshore and a channel waste-water, physico-chemical parameters were measured in situ. Fluxes of nutrients and net metabolism were estimated using LOICZ biogeochemical model. Flushing time was 5 days in summer and 12 days in winter. Lobos coastal lagoon was a sink of nitrogen in summer (ΔDIN = - 5645 mol day-1) and in winter (ΔDIN = - 136,575 mol day-1 ), and it was a source of phosphorus in summer (ΔDIP = + 360 mol day- 1 ) and sink in winter (ΔDIP = – 15,809 mol day-1). During summer, Net Ecosystem Metabolism (NEM) of Lobos lagoon was heterotrophic (- 0.38 mmol m-2 d-1) and denitrification process was observed ( - 0.1 mmol m-2 d-1); during winter the NEM was autotrofic (+ 16.49 mmol m-2 d-1) and nitrogen fixation process was observed ( + 1.1 mmol m-2 d-1). These results suggest the hypothesis that coastal lagoons semi-arids subtropicals from Eastern coast on Gulf of Califonia have seasonal changes, dominant processes of denitrification and net metabolism hetrotrophic during summer, while dominant processes of nitrogen fixation and net metabolism autotrophic during winter."