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dc.contributor.advisorOrtega Rubio, Alfredo
dc.contributor.authorKlimova, Anastasia
dc.date.issued2018-02
dc.identifierhttps://cibnor.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1001/1005
dc.identifier.urihttp://dspace.cibnor.mx:8080/handle/123456789/1726
dc.description.abstractLos estudios comparativos de especies co-distribuidas y con los requisitos ecológicos similares pueden proporcionar información valiosa sobre los procesos que afectan la estructura de la población, y de ese modo ayudar a dilucidar los mecanismos potenciales por los cuales las poblaciones contemporáneas pueden responder a los cambios ambientales actuales y futuros. En este sentido, la península de Baja California, con su variedad de paisajes y hábitats que van desde bosques caducifolios tropicales y oasis mésicos hasta montañas de matorral xérico y llanuras áridas, es de interés particular. Los complejos procesos geológicos y ecológicos que han generado altos niveles de diversidad biológica y endemismo en Baja California han sido objeto de un intenso estudio. Sin embargo, aún se sabe relativamente poco sobre la filogeografía y la estructura genética de las especies emblemáticas de palmas endémicas de esta región. Las poblaciones de palmeras en la Baja California son consideradas reliquias de poblaciones históricamente más extendidas y continuas que ahora están confinadas en gran parte a sitios donde existe agua permanente ya sea sobre o debajo del suelo. Actualmente, hay dos géneros nativos de palma de América del Norte, Washingtonia y Brahea presentes en la península de Baja California. Sin embargo, a pesar del estatus emblemático de estas palmas del desierto, muchos aspectos de su taxonomía, límites de especies y estructura de la población siguen siendo ambiguos. Dichas palmas proporcionan un sistema atractivo para investigar las contribuciones de efectos neutros, no neutrales y mediados por humanos hacia la estratificación de la población en un contexto comparativo. Por lo tanto, en la presente tesis se utilizó tanto la secuenciación clásica de Sanger como el enfoque de Genotipificación por Secuenciación (GBS) para proporcionar una perspectiva genómica sobre la estructura poblacional de dos géneros icónicos de palma de América del Norte, Washingtonia y Brahea, en la península de Baja California, el territorio continental adyacente e Isla Guadalupe. Los resultados revelaron algunas similitudes, así como sorprendentes diferencias, no solo en la fuerza y el patrón de la estructura poblacional, sino también en los posibles impulsores subyacentes. Se evidenció que las palmas Washingtonia y Brahea presentan bajos niveles de diversidad genética y están altamente estructuradas, con las principales regiones geográficas aisladas genéticamente. No obstante, se encontró apoyo mixto para las relaciones taxonómicas actualmente reconocidas dentro de cada género. Por ejemplo, el análisis filogenético Bayesiano apoyó la clasificación de B. edulis como una especie distinta, pero este no fue el caso de W. filifera-W. robusta y B. armata-B. brandegeei. A nivel poblacional, los datos de secuencias no fueron particularmente útiles debido a la baja diversidad y discordancia entre los datos de cloroplastos y nucleares. GBS, por otro lado, presentó una resolución más alta y permitió hacer varios hallazgos importantes. Por ejemplo, se descubrieron dos poblaciones distintas de Washingtonia en la península de Baja California y también se identificó un conjunto de loci atípicos que resolvió una filogenia contrastante con los loci neutrales, consistente con una fuerte divergencia mediada ecológicamente. Por el contrario, las palmas de Brahea estaban fuertemente estructuradas, con GBS resolviendo con éxito sierras individuales (cadenas montañosas) en la península junto con un fuerte señal de aislamiento por distancia. Finalmente, se encontraron elementos que prueban eventos de dispersión a larga distancia en Washingtonia pero no en Brahea, en apoyo de la hipótesis que sostiene que los humanos podrían haber dispersado a Washingtonia como fuente de alimentos y materiales de construcción. En general, nuestro estudio demuestra el poder de GBS en combinación con un enfoque comparativo para dilucidar patrones de divergencia del genoma marcadamente distintos, mediados por diversos efectores.es
dc.formatpdfes
dc.language.isospaes
dc.publisherCentro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C.es
dc.rightsAcceso abiertoes
dc.subjectArecaceae, península de Baja California, genotipificación por secuenciación (GBS), dispersión mediada por humanos, polimorfismo de un solo nucleótido (SNP)es
dc.subjectArecaceae, Baja California peninsula, genotyping by sequencing (GBS), human-mediated dispersal, single nucleotide polymorphism (SNP)es
dc.titleEl análisis de la genética molecular revela patrones contrastantes de la estructura poblacional, la divergencia mediada ecológicamente y la dispersión a larga distancia en palmeras icónicas de américa del nortees
dc.typedoctoralThesises
dc.dirtesis.gradoDoctorado en Ciencias en el Uso, Manejo y Preservación de los Recursos Naturaleses
dc.dirtesis.disciplinaEcologíaes
dc.dirtesis.universidadCentro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C.es
dc.dirtesis.facultadPosgrado en Recursos Naturaleses
dc.description.abstractenComparative studies of co-distributed species with similar ecological requirements can provide powerful insights into the processes that affect population structure and thereby help to elucidate the potential mechanisms by which contemporary populations may respond to current and future environmental changes. In this regard, the Baja California peninsula, with its heterogeneous array of landscapes and habitats varying from tropical deciduous forests and mesic oases to xeric desert scrub mountains and low altitude arid plains, is of particular interest. The complex geological and ecological processes that have generated high levels of biological diversity and endemism in the Baja California have been the subject of intensive study. However, relatively little is still known about phylogeography and population genetics structure of the iconic endemic palm species of this region. Palm populations on the Baja California are widely considered to be relicts of historically more widespread and continuous populations that are now largely confined to sites where permanent water exists either above or below the ground. Currently, there are two native North American palm genera, Washingtonia and Brahea present on the Baja peninsula. However, despite the emblematic status of these desert palms, many aspects of their taxonomy, species limits and population structure remain ambiguous. These palms provide an attractive system for investigating the contributions of neutral, non-neutral and human-mediated effects towards population stratification in a comparative context. We therefore used both the classical Sanger sequencing and GBS approaches to provide a genome-wide perspective on the comparative species and population structure of two iconic North American palm genera, Washingtonia and Brahea, on the Baja California peninsula, the adjacent Mexican mainland and Guadalupe Island. Our results reveal some similarities, as well as striking differences, not only in the strength and pattern of population structure, but also in the likely underlying drivers. We found that Washingtonia and Brahea palms had low levels of genetic diversity and were highly structured, with the major geographic regions being genetically isolated. Nonetheless, mixed support was found for currently recognized taxonomic relationships within each genus. For example, Bayesian phylogenetic analysis supported the classification of B. edulis as a distinct species but this was not the case for W. filifera–W. robusta and B. armata–B. brandegeei. At the population level sequence data was not particularly useful due to low diversity and discordances between chloroplast and nuclear data. GBS, on the other hand, presented higher resolution and allowed several important findings to be made. For example, we uncovered two distinct Washingtonia populations on the Baja peninsula and also identified a suite of outlier loci that resolved a contrasting phylogeny to the neutral loci, consistent with strong ecologically mediated divergence. By contrast, Brahea palms were strongly structured, with GBS successfully resolving individual sierras (mountain ranges) on the peninsula coupled with strong isolation by distance signal. Finally, we found clear evidence for long-distance dispersal events in Washingtonia but not in Brahea, in support of the hypothesis that humans may have dispersed Washingtonia as a source of food and building materials. Overall, our study demonstrates the power of GBS in combination with a comparative approach to elucidate markedly different patterns of genome-wide divergence mediated by a variety of different effectors.es


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  • Tesis Digitales CIBNOR
    Esta colección contiene texto completo de las tesis de Maestría y Doctorado del Programa de Posgrado del CIBNOR.

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