"Seed germination is usually affected by water stress. The aim of this study was to compare the effect of water stress on the final germination percentage, mean germination rate, epicotyl and hypocotyl growth, and root:shoot ratio index of semi-domesticated, Capsicum frutescensL., and cultivated, C. annuumL., pepper species. Seeds were exposed to eight levels of water potential (Ψ) induced by polyethylene glycol (PEG-8000). Capsicum annuumshowed final germination percentage of 73%; however, no significant differences (P =0.01) were observed among Ψtreatments between species. Mean germination rate was lower for C. frutescensthan for C. annuum. Variation in epicotyl and hypocotyl growth was observed between treatments, but no clear pattern was observed across Ψtreatments. Root:shoot ratio index was higher for C. annuumthan for C. frutescens. Root:shoot ratio index differences were significant among Ψtreatments in the case of C. annuum, while for C. frutescensdifferences were not significant. Root:shoot ratio index was a reliable drought tolerance indicator for both pepper species. An increase in root:shoot ratio as a function of water stress levels suggest a priming effect on C. annuumimproving seedling growth under water stress. In the case of C. frutescens, no decrease effect on root:shoot ratio index was evident suggesting an adaptive characteristic to growth under arid and semiarid climatic conditions in Baja California Sur.""La germinación en semillas está comúnmente afectada por el estrés hídrico. El objetivo de este estudio fue comparar el efecto del estrés hídrico en el porcentaje final de germinación, tasa media de germinación, y longitud de epicotilo e hipocotilo, índice de radícula: tallo de las especies de chile semi-domesticado Capsicum frutescens L. y cultivado Capsicum annuum L. Las semillas fueron expuestas a ocho niveles de potencial hídrico (Ψ) inducidas con polietilen glicol (PEG) 8000. Capsicum annuum presentó el porcentaje final de germinación de 73%; sin embargo, se presentaron diferencias no significativas (P=0.01) entre tratamientos en cada especie. La tasa media de germinación fue menor en C. frutescensque en C. annuum. El índice de la relación radícula: tallo fue mayor para C. annuumque para C. frutescens. Las diferencias entre el índice radícula: tallo fue significativa entre tratamientos en el caso de C. annuum, mientras que para C. frutescensno. El índice radícula: tallo fue un indicador relevante de tolerancia a la sequía en ambas especies de chile. Un incremento en el índice radícula: tallo como una función de los niveles de estrés hídrico sugiere un efecto promotor en C. annuum mejorando el crecimiento de plántula bajo estrés hídrico. En el caso de C. frutescens, no se evidenció una disminución en el índice radícula: tallo. Lo cual sugiere una característica adaptativa del crecimiento bajo condiciones climáticas áridas y semiaridas en Baja California Sur."