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Estudios sobre la estructura genética del camarón blanco, (Litopenaeus vannamei), del Pacífico Oriental inferidos del análisis de microsatélites y ADN mitocondrial
dc.contributor.advisor | Pérez Enríquez, Ricardo | es_MX |
dc.contributor.author | Valles Jiménez, Rubén | es_MX |
dc.date.issued | 2005 | es_MX |
dc.identifier.uri | http://dspace.cibnor.mx:8080/handle/123456789/122 | |
dc.description.abstract | El camarón blanco, (Litopenaeus vannamei), es una de las especies comerciales más importantes del Pacífico oriental por sus pesquerías y cultivo. En México, la pesquería de camarón en el litoral del Pacífico tiene los niveles más altos de producción. Durante el 2002 las capturas de organismos de manglares, bahías y altamar alcanzaron las 25,343 , y la producción por cultivo 42,513 ton. El camarón capturado por estas pesquerías incluye principalmente cuatro especies: camarón café, (Farfantepenaeus californiensis), camarón azul, (L. stylirostris), camarón rosado, (F. brevirostris) y camarón blanco, (L. vannamei); esta última especie es usada principalmente en el cultivo. El camarón blanco tiene un amplío rango de distribución desde el norte de México hasta el norte del Perú y habita en lagunas costeras y mar abierto. La definición genética de stocks es esencial en la pesquería de camarón blanco para el manejo y la conservación de la biodiversidad acuática, y en la acuacultura como un recurso disponible de diversidad genética para ser usado en la domesticación y selección de reproductores. El uso de marcadores genéticos ha incrementando en gran medida nuestro entendimiento de la diversidad genética y la estructura poblacional de peneidos. Recientemente, marcadores moleculares como el ADN mitocondrial (ADNmt) y los microsatélites han revelado una mayor variabilidad que las alozimas. Aunque, el camarón blanco es una especie muy importante en la pesquería y la acuacultura, la información de la diversidad y estructura genética de poblaciones naturales a través de su rango de distribución es limitada. Para evaluar la diversidad y estructura genética de L. vannamei, se analizaron muestras de cuatro localidades geográficamente distintas (Sinaloa, Guerrero, Guatemala y Panamá) a lo largo de su área de distribución en el Pacífico oriental con base en cinco microsatélites (Pvan0013, Pvan0040, Pvan1003, Pvan1758, Pvan1815), y el análisis de RFLP del ADNmt de la región control. Usando microsatélites, la diversidad genética varió entre poblaciones indicada por el promedio en el número de alelos por locus y la heterocigosidad media, en un rango de 7.4 a 8.6 y de 0.241 a 0.388, respectivamente. En 19 de 20 pruebas posibles, se observaron desviaciones significativas del Equilibrio de Hardy-Weinberg (HWE) en las poblaciones para cada uno de los loci con excepción de Guatemala con el microsatélite Pvan0013, causadas por una elevada deficiencia de heterocigotos. No puede ser descartado que las desviaciones observadas de HWE en L. vannamei a lo largo de la costa del Pacífico podría deberse a un efecto de loteria en el éxito reproductivo del camarón. El desequilibrio por ligamiento no fue significativo en todos los pares de loci, indicando la no asociación entre genotipos. Un valor total significativo de FST = 0.055 (índice de diferenciación genética de subpoblaciones) indicó substancial diferenciación genética de las localidades muestreadas de L. vannamei. Utilizando el análisis de ADNmt-RFLP de la región control de 150 organismos investigados con cuatro endonucleasas de restricción (Alu I, Taq I, Spe I, Ssp I), fueron obtenidos un total de 48 haplotipos compuestos, 35 de ellos fueron haplotipos únicos. Un mayor número de haplotipos fue observado en Sinaloa y Guatemala, con 22 haplotipos para cada uno, que en Guerrero con 3 y Panamá 14. Los haplotipos más frecuentes fueron ACAC y CABB con el 18% y 17.3%, respectivamente; ambos presentes en la población de Guerrero que presentó únicamente tres haplotipos compuestos. El promedio de diversidad haplotípica (h) (0.823 0.008) y el promedio de la diversidad nucleotídica (π) (5.41%) fueron altos, los valores más bajos se encontraron en Guerrero (0.543 0.042 y 3.72%), respectivamente. Un análisis de varianza molecular (AMOVA) mostró diferencias significativas en la variación geográfica de las frecuencias haplotipicas entre localidades (ST = 0.1382, P menor que 0.0001). Ambos marcadores genéticos indicaron que las diferencias genéticas entre poblaciones no se explican por el aislamiento geográfico. Los resultados obtenidos de este estudio indican que las localidades analizadas de L. vannamei en el Pacífico oriental son diferentes genéticamente y por lo tanto deberían ser tratadas como poblaciones separadas. La diferenciación genética entre las poblaciones analizadas pueden ser el resultado de uno, o la combinación de varios factores ambientales (ej. corrientes, frentes) y biológicos (ej. comportamiento reproductivo) responsables de la fragmentación del hábitat del camarón blanco, que pueden estar actuando como barreras geográficas del flujo genético y contribuyendo a la diferenciación genética de las poblaciones. El conocimiento generado por esta investigación sobre la diversidad y estructura genética de las poblaciones silvestres de L. vannamei serán de una gran utilidad como base para el manejo y la administración de este recurso en las actividades pesqueras y de acuacultura. | es_MX |
dc.language.iso | es | es_MX |
dc.publisher | Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C. | es_MX |
dc.title | Estudios sobre la estructura genética del camarón blanco, (Litopenaeus vannamei), del Pacífico Oriental inferidos del análisis de microsatélites y ADN mitocondrial | es_MX |
dc.documento.id | cibnor.2005.valles_r | es_MX |
dc.documento.indice | valles_r | es_MX |
dc.documento.inst | cibnor | es_MX |
dc.dirtesis.grado | Doctorado en Ciencias en el Uso, Manejo y Preservación de los Recursos Naturales | es_MX |
dc.dirtesis.disciplina | Acuicultura | es_MX |
dc.dirtesis.universidad | Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C. | es_MX |
dc.dirtesis.facultad | Posgrado en Recursos Naturales | es_MX |
dc.documento.fecha | Febrero, 2005 | es_MX |
dc.description.abstracten | The white shrimp, (Litopenaeus vannamei), is one of the most important commercial shrimp species of the Eastern Pacific with fisheries and cultured production. In México, the shrimp fisheries of Pacific litoral have the highest levels of production. During 2002 the captures from salt marshes, bays, and open sea reached 25,343 ton, and the cultured production was 42,513 ton. The shrimp captured for those wild fisheries included principally four species: brown shrimp, (Farfantepenaeus californiensis), blue shrimp, (L. stylirostris), rose shrimp, (F. brevirostris) and white shrimp, (Litopenaeus vannamei); this last species is the main one used in culture. White shrimp has a wide range of distribution, from northern Mexico to northern Perú, and inhabits coastal lagoons and open coastal waters. The genetic definition of stocks in white shrimp is essential in fishery for resource management and conservation of aquatic biodiversity, and for aquaculture as an available resource of genetic diversity to be used in domestication and breeding selection. The use of genetic markers has greatly improved our understanding of genetic diversity and structure population in penaeids. More recently, molecular markers such as restriction fragment length polymorphism (RFLP) of mitochondrial DNA (mtDNA) and microsatellites loci have revealed more variability than allozymes. Still, in spite of the importance of white shrimp for fisheries and aquaculture activities, information of genetic diversity and population genetic structure of natural populations throughout its distributed range is limited. In order to evaluate the genetic diversity and population genetic structure of wild L. vannamei, samples from four geographically distant locations (Sinaloa, Guerrero, Guatemala y Panamá) along part of its area of distribution in the Eastern Pacific were analyzed based at five microsatellite loci (Pvan0013, Pvan0040, Pvan1003, Pvan1758, Pvan1815) and by Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) analysis of the mitochondrial DNA (mtDNA) control region. Using microsatellite loci, the genetic diversity among populations, indicated by the mean number of alleles per locus and mean observed heterozygosity, ranged from 7.4 to 8.6 and from 0.241 to 0.388, respectively. In 19 of 20 possible test, significant departures from Hardy-Weinberg Equilibrium (HWE) were found at most locations and were caused by high heterozygote deficiencies. It can not be discarded that the observed deviation from HWE in L. vannamei along the Pacific coast could be due to a sweepstakes reproductive success effect among larval cohorts. Linkage disequilibria analyses were non-significant for all pair of loci, indicating no association between genotypes. Genetic differences between localities were detected by pairwise comparison based on allelic and genotypic frequencies, with exception of locus Pvan1003. An overall significant FST = 0.055 (index of genetic differentiation of subpopulations) indicates substantial genetic differentiation of L. vannamei. For mtDNA-RFLP analysis a total of 150 organisms were surveyed with four restriction endonucleases (Alu I, Taq I, Spe I, Ssp I), yielding a total of 48 composite genotypes, 35 of them were carried by single individuals. Higher number of haplotypes was observed in Sinaloa and Guatemala, both with 22 composite haplotypes, than in Guerrero with 3 and Panama 14. The most frequent haplotypes were ACAC and CABB with 18% and 17.3%, respectively, both in the Guerrero sample that had only three composite haplotypes. The average haplotype diversity (h) (0.823 0.008) and average nucleotide diversity (π) (5.41%) were high, lowest values was found in Guerrero (0.543 0.042 and 3.72% respectively). An analysis of molecular variance showed significant geographic variation in the frequencies of haplotypes among localities (ST = 0.1382, P 0.0001). Both genetic markers indicated that population differentiation does not follow an isolation-by-distance model. The results of this study indicated that L. vannamei localities are genetically differents in the Eastern Pacific and therefore should be treated as separately populations. This population differentiation may be maintained by one or the combination of environmental (e.g. currents, fronts) and biological (e.g. reproductive behavior) factors, responsible for the habitat fragmentation of white shrimp, acting as barriers to genetic flow and contributing to the genetic differentiation of the populations. The knowledge generated for this study on the genetic diversity and population genetic structure of L. vannamei populations will be of utility as a base for the management and administration of this resource in fisheries and aquaculture activities. | es_MX |
dc.documento.subject | Estructura y genética poblacional; microsatélites; ADN mitocondrial; camarón blanco; Litopenaeus vannamei | es_MX |
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