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dc.contributor.advisorHolguin Zehfuss, Ginaes_MX
dc.contributor.authorFlores Mireles, Ana Lidiaes_MX
dc.date.issued2005es_MX
dc.identifier.urihttp://dspace.cibnor.mx:8080/handle/123456789/101
dc.description.abstractLos manglares son ecosistemas quejuegan un importante papel como zonas de crianza, refugio y alimentación para numerosos organismos y sostienen una cadena alimenticia muy extensa basada en el detritus. Adicionalmente, los manglares exportan nutrientes a ecosistemas marinos adyacentes tales como comunidades de pastos marinos y arrecifes de coral. Los manglares de áreas semiáridas son generalmente deficientes de nitrógeno, sin embargo, son altamente productivos. Esta aparente paradoja puede ser explicada por la alta actividad de fijación biológica de nitrógeno asociada a sedimentos y a raíces, tanto aereas como subterráneas, hojas en descomposición, que puede contribuir hasta con un 60% del los requerimientos de nitrógeno del manglar. La desnitrificación en manglares es importante porque permite la mineralización de materia orgánica bajo condiciones anaerobias y microaerofilicas, las cuales prevalecen en un ecosistema de manglar. Considerando la importancia de las comunidades diazotróficas y desnitrificantes en manglares la disponibilidad de nitrógeno, y la ausencia de información en la literatura con respecto a la composición y diversidad de estas comunidades en ecosistemas de manglar, nosotros realizamos un análisis de la diversidad molécular de las bacterias fijadoras de nitrógeno y desnitrificantes utilizando T-RFLP de los genes nifH (para la fijación de nitrógeno) y de nirS y nirK (para la desnitrificación). Se encontraron resultados relevantes donde la diversidad de bacterias fijadoras de nitrógeno fue mayor que el de bacterias desnitrificantes en los 3 sitios de estudio. Cuando comparamos la diversidad entre los tres sitios, se encontró que el sitio 3, el cual tuvo la mayor concentración de materia orgánica, el porcentaje de arena en la rizósfera, así como la baja concentración de oxígeno, también tuvo la mayor diversidad de nifH. Esas condiciones en el sedimentos que rodea la raíces, son apropiadas para la fijación de nitrógeno, deben haber favorecido la competitividad del grupo diazotróficos de otros grupos bacterianos, permitiendo la proliferación de las fijadoras de nitrógeno así como la transferencia lateral de genes nifH a otros grupos, circunstancias que inducen la diversidad del pool genético. Como para el gen nirS, su mayor diversidad se encontró en el sitio 2, caracterizado por tener una alta concentración de oxígeno en el sedimento a diferencia de los otros dos sitios. Esto concuerda con la mayoría de los reportes en la literatura que en la NirS es más dominante que NirK en bacterias que colonizan ambientes aerobios. Es posible, entonces que las condiciones aerobias en la rizósfera del sitio 2 favorecieran la colonización de las bacterias desnitrificantes que contengan NirS. Esto es importante hacer notar, como sabemos, el manglar de Balandra no ha sufrido grandes disturbios recientemente tanto natural o inducido por la mano del hombre y que las condiciones biogeoquímicas que prevalecen en la rizósfera pudieron haber existido por lo menos 10 años. Estudios recientes revelan la asombrosa habilidad de las bacterias para responder a cambios ambientales, apagando o prendiendo genes a conveniencia. Moléculas señal de diferentes tipos, es el medio utilizado por las bacterias para regular estas respuestas. Las acilo homoserina lactonas, AHLs, utilizadas por bacterias Gram negativas, pueden activar la expresión de diversos procesos bacterianos, desde síntesis de antibióticos, hasta conjugación y movimiento en enjambre, entre otros. Al analizar la producción de moléculas señal tipo AHLs en bacterias diazotróficas y desnitrificantes aisladas de raíces de mangle, encontramos que la mayoría produce AHLs, sintetizando varios tipos de éstas moléculas. Encontramos que la composición del medio de cultivo es determinante para la síntesis de AHLs y que el someter a las cepas a estrés nutricional puede llegar a incrementar la síntesis hasta 20 veces. Interesantemente, al crecer juntas algunas de las cepas en medio sin glucosa, observamos interacciones sinérgicas en relación a la síntesis de AHLs. Por ejemplo, al crecer juntas la cepa diazotrófica Paracoccus sp. AG4BC con la desnitrificante Arthrobacter sp. 61K, o con la cepa diazotrófica Pseudomonas sp. LR6b, la concentración de AHLs en el cultivo se incrementa hasta 5 veces. Fascinantemente, encontramos que la mayoría de las aislamientos presentan tanto el gen nifH y el gen nirK juntos en la misma célula. Los ensayos de reducción de acetileno y desnitrificación revelan que ambos de esos genes son funcionales.es_MX
dc.language.isoeses_MX
dc.publisherCentro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C.es_MX
dc.titleBacterias diazotróficas y desnitrificantes asociadas a raíces del mangle negro: caracterización de las comunidades a nivel molecular y su producción de moléculas señal tipo acilo homoserina lactonases_MX
dc.documento.idcibnor.2005.flores_aes_MX
dc.documento.indiceflores_aes_MX
dc.documento.instcibnores_MX
dc.dirtesis.gradoMaestría en Ciencias en el Uso, Manejo y Preservación de los Recursos Naturaleses_MX
dc.dirtesis.disciplinaBiotecnologíaes_MX
dc.dirtesis.universidadCentro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C.es_MX
dc.dirtesis.facultadPosgrado en Recursos Naturaleses_MX
dc.documento.fechaNoviembre, 2005es_MX
dc.description.abstractenMangrove ecosystems play an important role as refuge, feeding and breeding areas for many organisms and sustain an extensive food weed based on detritus. Additionally, mangroves export nutrients to adjacent marine ecosystems such as sea grass communities and coral reefs. Mangroves of semi-arid areas are generally nitrogen deficient, but nonetheless, highly productive. This apparent paradox can be explained by the high biological nitrogen fixing activity that takes place in sediments, rhizosphere, decomposing leaves, aerial roots and bark, which can contribute from 40-60% of the total nitrogen required by the ecosystem. Denitrification in mangroves is important because it allows mineralization of organic matter under anaerobic or microaerophylic conditions, which prevail in a mangrove ecosystem. However, high denitrification rates could cause a significant loss of nitrogen from the ecosystem. Considering the importance for mangroves of both diazotrophic and denitrifying bacterial communities in regard to the availability of nitrogen, and the lack of information in the literature regarding the composition and diversity of such communities in mangrove ecosystems, we performed an analysis of the molecular diversity of nitrogen fixers and denitrifiers using T-RFLP of nifH (for nitrogen fixation) and of nirS and nirK (for denitrification). Results revealed that the diversity of nitrogen fixers was higher than for denitrifying bacteria in the three sampling sites. When comparing the diversity between the three sites, it was found that site 3, which had the highest concentration of organic matter and percentage of sand in the rhizosphere, as well as the lowest oxygen concentration, had also the highest nifH diversity. These conditions in the sediment surrounding the roots, fitting for nitrogen fixation, must have favored the competitiveness of diazotrophs over other bacterial groups, allowing the proliferation of nitrogen fixers as well as the lateral transfer of nif genes to other bacterial groups, circumstances that can induce gene pool diversity. As for nirS, the highest diversity was found in site 2, characterized by having a higher concentration of oxygen in the sediments than the other two sites. According to most reports in the literature NirS is more dominant than NirK in bacteria that colonize aerobic environments. It is possible then that aerobic conditions in the rhizosphere of site 2 favored the colonization of denitrifying bacteria carrying NirS. It is important to note that, as far as we know, the mangrove of Balandra has suffered no major recent disturbances either natural or human-induced and that the biogeochemical conditions that prevail now in the rhizosphere could have existed for the last ten years. Recent studies reveal the amazing ability of bacteria to respond to environmental changes, turning on and off genes on their convenience. Signal molecules of different types, is one way to regulate these responses. Acyl homoserine lactones (AHLs) used by Gram-negative bacteria, can activate the expression of various bacterial processes such as synthesis of antibiotics, conjugation, swarming, among others. When analyzing the production of AHLs by diazotrophic and denitrifying bacteria isolated from mangrove roots, we found that most of them produce AHLs, and of different types. We found that the composition of the culture medium influences the synthesis of these molecules and that exposing the strains to nutritional stress can increase the synthesis of these molecules up to 20 times. Interestingly, when growing together some of the strains in medium without glucose we observed synergic interactions between them in relation to AHL synthesis. For example, when growing together the diazotrophic bacterium Paracoccus sp. AG4BC with the denitrifying Arthrobacter sp. 61K, or with the nitrogen fixer Pseudomonas sp. LR6b, the concentration of AHLs in the culture supernatant increased up to five times. Fascinatingly, we found that most of the denitrifying isolates had both nifH and nirK genes together in the same cell. Acetylene reduction and denitrification assays revealed that both of these genes are functional.es_MX
dc.documento.subjectDiversidad molecular; bacterias fijadoras del nitrógeno; T-RFLP; nifH; nirS; nirK; desnitrificaciónes_MX


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