Esta colección contiene texto completo de las tesis de Maestría y Doctorado del Posgrado del CIBNOR. http://dspace.cibnor.mx:8080/handle/123456789/2139 2026-05-10T01:34:42Z 2026-05-10T01:34:42Z Luis Hernández, Dalia Itzkopilli http://dspace.cibnor.mx:8080/handle/123456789/3380 2026-05-06T19:33:38Z 2026-01-01T00:00:00Z

Aprovechamiento biotecnológico de la actividad osteogénica de la matriz soluble del nácar de la ostra perlera Pteria sterna Luis Hernández, Dalia Itzkopilli "El nácar constituye la capa interna de la concha de algunos moluscos y está conformada por una fase mineral de carbonato de calcio y una matriz orgánica compuesta de proteínas, glicoproteínas, lípidos y pigmentos. Dentro de este sistema biocompuesto, las proteínas de la matriz orgánica desempeñan un papel clave en la biomineralización, regulando la nucleación y el crecimiento de los cristales. Diversos estudios han demostrado que extractos proteicos del nácar, así como proteínas purificadas de esta matriz, ejercen efectos osteoinductores y osteogénicos tanto en modelos in vivo como en ensayos de diferenciación celular hacia el linaje osteogénico. Análisis bioquímicos y moleculares han evidenciado que dichos efectos se deben a la capacidad de las proteínas para incrementar la expresión de genes asociados a la osteogénesis y promover la mineralización extracelular. "En particular, de la concha de la ostra perlera Pteria sterna se ha aislado la matriz orgánica soluble e insoluble mediante extracción con ácido acético glacial (AAG) al 10%. En un estudio previo se purificó y caracterizó la proteína Ps19 a partir de la fracción insoluble, la cual presenta capacidad de unión a calcio y α-quitina, además de inducir la formación de cristales de aragonita in vitro. Dando continuidad a este estudio, el objetivo de la presente investigación fue evaluar la actividad osteogénica tanto de la matriz soluble como de la proteína Ps19 sobre la diferenciación de células troncales mesenquimales de médula ósea humana (MSC) hacia el linaje osteogénico. Se demostró que la proteína Ps19 y la matriz orgánica soluble en ácido acético (ASM , del inglés Acid Soluble Matrix) de la concha de P. sterna producen cambios en el fenotipo mesenquimal de las MSC de médula ósea tras 21 días de estimulación. Se observaron cambios morfológicos, una tendencia a la disminución en la expresión de los marcadores mesenquimales CD73 y CD90, así como la expresión del marcador osteoblástico OCN. Estos cambios fueron dependientes del estímulo aplicado, la concentración utilizada y del pase celular. Las MSC estimuladas con 500 ng/mL y 1000 ng/mL de Ps19 mostraron expresión de OCN; sin embargo, se requieren estudios adicionales para confirmar plenamente su potencial osteogénico. En cuanto a las MSC estimuladas con diferentes concentraciones de ASM, se observó una tendencia a la disminución de CD90, expresión de OCN y presencia de matriz extracelular mineralizada..."

2026-01-01T00:00:00Z Olachea Herrera, Sandra Estefana http://dspace.cibnor.mx:8080/handle/123456789/3377 2026-04-17T19:41:02Z 2026-01-01T00:00:00Z

EFECTO DE LA APLICACIÓN FOLIAR DE NANOPARTÍCULAS DE ÓXIDO ZINC DOPADAS CON HIERRO SOBRE LAS COMUNIDADES BACTERIANAS DE LA RIZOSFERA DE RÁBANO (Raphanus sativus). Olachea Herrera, Sandra Estefana "En la búsqueda de alternativas más sustentables para mejorar la productividad agrícola, el uso de nanopartículas (NPs) es una estrategia prometedora para optimizar la fertilización, particularmente en el suministro eficiente de nutrientes limitantes en los suelos. Sin embargo, aunque podrían aumentar la disponibilidad y eficiencia de absorción de elementos esenciales, aún no se conocen a profundidad los efectos que estos tratamientos pueden ejercer sobre las comunidades bacterianas del suelo y la raíz, las cuales también desempeñan un papel fundamental en la salud y nutrición vegetal. En este proyecto, se sintetizaron y caracterizaron NPs de óxido de zinc dopadas con hierro (ZnO:Fe) para evaluar el efecto de la aplicación foliar de sobre las comunidades bacterianas de la rizosfera de rábano (Raphanus sativus). Se realizaron dos ensayos; el primero se llevó a cabo en suelo agrícola, aplicando directamente un fertilizante comercial (Monster) y NPs para observar el efecto directo sobre las comunidades bacterianas. En el segundo ensayo, se aplicaron los tratamientos de manera foliar en plantas de rábano para evaluar los cambios en las comunidades bacterianas (mediados por la planta) en las comunidades de la rizosfera. En ambos casos, se evaluó la diversidad y estructura de las comunidades bacterianas por secuenciación de amplicones de 16S rRNA. Los resultados mostraron que la aplicación directa al suelo no generó alteraciones significativas en las comunidades bacterianas. En planta, la aplicación foliar de NP ZnO:Fe mostró ligeros incrementos en el tamaño y el área radicular en comparación con los demás tratamientos, acompañados de cambios puntuales en la composición de las comunidades bacterianas. Específicamente, encontramos que el tratamiento foliar con ZnO incrementó la abundancia relativa de las bacterias de las familias Intrasporangiaceae, Chitinophagaceae y Nitrosomonadaceae, mientras que la aplicación foliar de ZnO:Fe ocasionó aumentos en las familias Bacillaceae, Phaselicystidaceae, Caulobacteraceae y disminución en la familia Pedosphaeraceae. Nuestros datos indican que la interacción planta–NP puede modular indirectamente la composición bacteriana de la rizosfera, ya que no fueron observados tras la aplicación directa en suelo..."

2026-01-01T00:00:00Z Valdovinos Uribe, Regina http://dspace.cibnor.mx:8080/handle/123456789/3371 2026-04-10T19:51:23Z 2026-01-01T00:00:00Z

EFECTOS DE PERTURBACIONES CLIMÁTICAS EN LA DIVERSIDAD DE LA FAUNA CRÍPTICA ASOCIADA A CORALES DEL GÉNERO Pocillopora Valdovinos Uribe, Regina "Los ambientes coralinos se encuentran seriamente amenazados por una serie de factores de riesgo generados a escala local y regional. El aumento de la temperatura del océano y el incremento de la frecuencia e intensidad de eventos climáticos, como la Oscilación del Sur (ENSO) y los huracanes, son las principales causas de afectación para las comunidades coralinas. Lo que ha provocado una disminución de la cobertura coralina y cambios en la composición de sus comunidades. Uno de los grupos más afectados por la mortalidad coralina es el de los crustáceos decápodos, pues son los invertebrados más abundantes en las ramas de los corales. Los peces crípticos también se ven afectados por estos cambios, ya que son muy sensibles a los primeros signos de alteración del hábitat, al ser especialistas en microhábitats. Por la relevancia de los peces crípticos y de los crustáceos decápodos para el ecosistema, es necesario comprender la dinámica de las asociaciones entre ellos y los diferentes hábitats arrecifales que los cobijan, así como con el ambiente. En el año 2023 en Bahía de la Paz, se presentaron dos perturbaciones simultáneas en octubre: la llegada del huracán Norma y un blanqueamiento en los corales debido a un evento ENSO. El objetivo de este estudio fue analizar el impacto de las perturbaciones climáticas sobre la fauna críptica asociada a tres sitios arrecifales en la Bahía de La Paz. Se muestrearon tres años: 2020 antes, 2023 durante y 2024 después de las perturbaciones. Se colectaron un total de 1,094 individuos de peces en 2020, 526 peces y 483 crustáceos en 2023, y 349 peces y 990 crustáceos en 2024. Se encontraron diferencias entre años en la abundancia total y en las especies dominantes, así como en la estructura comunitaria de la fauna críptica en todos los sitios. En las familias de peces, se observó un claro declive en Gobiidae y un alza en Labrisomidae, Serranidae y Scorpaenidae. En cuanto a los crustáceos, las diferencias se observaron principalmente durante las perturbaciones en los sitios coralinos. Los resultados comprueban que los peces crípticos son más susceptibles a las perturbaciones debido a su dependencia del hábitat y que los crustáceos presentan alteraciones ante el blanqueamiento coralino."

2026-01-01T00:00:00Z Bolaños Duran, Erick http://dspace.cibnor.mx:8080/handle/123456789/3363 2026-04-07T20:36:54Z 2026-01-01T00:00:00Z

ANÁLISIS DE LA DIVERSIDAD GENÓMICA DE Porites panamensis EN EL PACÍFICO ORIENTAL TROPICAL: UNA PERSPECTIVA PAISAJÍSTICA Bolaños Duran, Erick "Comprender el rol de la adaptación local y los procesos neutrales en la diversidad genética de los corales formadores de arrecife es esencial para guiar su conservación. En el Pacífico Oriental Tropical (POT), región prioritaria para estos esfuerzos, las condiciones ambientales contrastantes y los hábitats fragmentados podrían moldear la distribución de la diversidad genética de especies como Porites panamensis, un coral incubador fundamental en la región. Mediante un enfoque de genómica del paisaje marino se analizó cómo la heterogeneidad ambiental del POT moldea la diversidad genética neutral y adaptativa en esta especie. Se clasificó el paisaje marino a partir de series de tiempo satelitales (1998–2020) con siete variables fisicoquímicas, delimitando el POT en 15 paisajes marinos mediante técnicas de aprendizaje automático. Dentro de este mosaico ambiental, se analizaron 152 colonias de P. panamensis en 22 localidades del POT mediante la técnica ddRAD-seq, incluyendo a siete colonias de P. sverdrupi como grupo externo ante la creciente evidencia de taxones crípticos en corales. Los análisis a escala del POT identificaron seis grupos genéticos, revelando una diferenciación genética abrupta en las colonias del sur (Costa Rica y Pacífico mexicano), comparables o superiores a los niveles interespecíficos, sugiriendo la presencia de diversidad críptica. Estos patrones indican que barreras geográficas persistentes, como las brechas de Centroamérica y de Sinaloa, restringen el flujo génico y favorecen procesos de diferenciación alopátrica en especies con capacidad de dispersión limitada. El enfoque paisajístico se restringió al Golfo de California (GC) donde se identificaron cuatro grupos genéticos (PP1–PP4). Estos mostraron una alta conectividad genética a lo largo de la costa peninsular, en contraste la presencia de grupos genéticos aislados en las costas continentales y periféricas. El análisis de redundancia parcial indicó que la estructura poblacional se explicó principalmente por procesos neutrales, mientras que la fracción puramente ambiental fue mínima. En consecuencia, la estructura genética de P. panamensis en el GC parece estar influida principalmente por procesos demográficos en interacción con la disponibilidad de hábitat y la circulación oceánica, más que por selección divergente..."

2026-01-01T00:00:00Z Campa Molina, Angel Isidro http://dspace.cibnor.mx:8080/handle/123456789/3344 2026-03-02T17:02:52Z 2026-01-01T00:00:00Z

ELABORACIÓN Y VALIDACIÓN DE UNA HERRAMIENTA MOLECULAR PARA LA DETECCIÓN DE Totoaba macdonaldi Campa Molina, Angel Isidro "Totoaba macdonaldi es una especie endémica del Golfo de California en peligro de extinción, cuya conservación requiere herramientas eficaces para su monitoreo no invasivo. Una alternativa novedosa es el uso de ADN ambiental (eDNA, por sus siglas en inglés) combinado con técnicas moleculares como la PCR cuantitativa (qPCR, por sus siglas en inglés) ofrece una alternativa sensible para detectar su presencia en cuerpos de agua sin necesidad de capturar individuos. Esta tesis tuvo como objetivo diseñar y validar un ensayo molecular especie-específico para la detección de T. macdonaldi mediante pruebas de PCR convencional (cPCR, por sus siglas en inglés) y PCR cuantitativa (qPCR). La validación se desarrolló en tres fases: in silico, in vitro e in situ. En la fase in silico se diseñaron seis pares de cebadores (primers) dirigidos a genes mitocondriales de T. macdonaldi (COI, 12S, CytB, NADH4 y región control). En la fase in vitro mediante cPCR el par SpecTo F1-R2 mostró la mayor especificidad, aunque la presencia de dímeros impidió su estandarización. Posteriormente, en la fase de qPCR se evaluaron la especificidad, eficiencia y sensibilidad de los ensayos, logrando estandarizar tres pares de cebadores (Tma09, Tma10 y Tma13) con eficiencias de 95.2 %, 93.6 % y 100.3 %, coeficientes de determinación R² = 0.997, 0.995 y 0.982 (respectivamente), y límites de detección (LOD, por sus siglas en inglés) y cuantificación (LOQ, por sus siglas en inglés) de 8.95X101, 7.7 X100 y 6.9X101 copias/µL, respectivamente. En varios ensayos se detectó co-amplificación con Cynoscion othonopterus, aunque las secuencias obtenidas en muestras artificiales confirmaron amplificación exclusiva de T. macdonaldi en los cebadores Tma09 y Tma10, evidenciando amplificación preferencial hacia la especie objetivo. En la fase in situ, se demostró capacidad para detectar ADN de T. macdonaldi en muestras de agua de estanques y eDNA artificial. Aunque los resultados son alentadores, se reconoce como limitación pendiente la validación en muestras de eDNA marino ambiental. Este trabajo sienta las bases para el desarrollo de herramientas moleculares aplicables al monitoreo de especies acuáticas en riesgo y destaca la necesidad de ampliar las bases de datos genéticas locales para mejorar la especificidad de futuros ensayos. Este trabajo es un primer paso hacia el desarrollo de una herramienta molecular validada para la detección específica de T. macdonaldi."

2026-01-01T00:00:00Z